其实说到二者之间的关系，几句话就能说出个大概：
最早的印度是纯印度教国家，但后来巴布尔建立了莫卧儿王朝，就把信奉伊斯兰教的部族带到了印度，于是之前只信奉印度教的印度内部，就出现了两个教派：
一个是自古有之的印度教，一个是外来的伊斯兰教。
二者共存，打破了此前印度教在印度的唯一地位。
而莫卧儿王朝当时的范围，恰好就包含现在的印度与巴基斯坦，我们可以将此时的印度认为是印度教集中的地区，而伊斯兰教集中的地区，则是巴基斯坦，所以等到英国人殖民时期，吞并了原先的莫卧儿王朝领土，因此莫卧儿王朝原有的伊斯兰教部分与印度教部分，依旧共存于“英属印度”之内。
可是到了1947年6月，英国突然颁布了《蒙巴顿方案》，对印度实行“印巴分治”。
所以这就导致英属印度分裂成了两个地区，一个是印度教占据主导地位的印度，另一个则是伊斯兰教占据主导地位的巴基斯坦，而在这一年的8月14日，巴基斯坦也宣布独立，成为“巴基斯坦自治领”，朝着完全独立跨出了巨大一步。
（自治领：指英国殖民体制下，没有对外宣战权，以及保留部分自主外交权的殖民政治体制，距离“完全独立”只有一步之遥。）
再到1956年的3月23日，该自治领成立“巴基斯坦伊斯兰共和国”，宣布正式独立。
但直到英国人被赶跑，从始至终也没有对印度和巴基斯坦的归属进行明确划分，本来英国人颁布《蒙巴顿方案》的目的，是为了制约两教的宗教矛盾，谁知却如同当年比利时针对卢旺达施行的政策一样，非但没缓解宗教矛盾，反而彻底激化了宗教矛盾，所以在印度教与伊斯兰教互相看不顺眼的情况下，二者之间又由于《蒙巴顿方案》的分治，使得巴基斯坦独立出印度，这就更加导致了双方矛盾的激化。
所以总的来说，印度和巴基斯坦之间，存在着两种主要矛盾：
一是宗教矛盾，即伊斯兰教与印度教之间的矛盾。
二是领土矛盾，因巴基斯坦在宣布独立以前，同为“英属印度”，但分裂以后，这部分领土主权就脱离了英国乃至印度的控制，而成为一个新兴的独立国家，所以印度自然无法接受原有的领土独立出去，从而造成了二者之间激烈的领土矛盾。
再加上后来巴基斯坦原本控制的“东孟加拉邦”，脱离了巴基斯坦的控制，独立为孟加拉国，以及克什米尔地区自13世纪以后的领土争端问题，到现在仍然没有解决，所以新闻中经常能够看到巴基斯坦与印度为了克什米尔的主权问题，甚至是和孟加拉国内部爆发种族冲突。
总结而言，印度与巴基斯坦之间的关系，是非常复杂且矛盾的，一方面两国在历史上有极深的渊源，莫卧儿王朝时期是同一个国家，但莫卧儿王朝灭亡以后，英国人又将此占领成为殖民地，可等到二战以后，英国却采取了“印巴分治”的政策，导致伊斯兰教与印度教之间的矛盾逐渐从内部浮出表面，变得日益激烈，最终导致了巴基斯坦的独立，又由于东巴基斯坦地区自古以来的民族，文化，以及语言和巴基斯坦以及印度，都存在着巨大差异，于是又导致了孟加拉国的独立。
而为了牵制住巴基斯坦，印度又出兵支持孟加拉国的独立，就进一步导致了印度与巴基斯坦之间的关系恶化。
其实早在印巴分治时期，当时还是英属印度一个省的“东孟加拉邦”，就已归为巴基斯坦统治，所以两国对于孟加拉国的博弈，实际上背后仍然是印度与巴基斯坦的领土矛盾。
至于克什米尔地区，那就更复杂了，因为巴基斯坦与印度，同时宣布对克什米尔全境拥有主权，双方都认为克什米尔是自己国家的领土，因此克什米尔地区始终存在着更为复杂的领土争议，这是历史遗留问题。
而且历史上多个王朝政权，皆对克什米尔地区进行过统治，因此直到今天，双方的领土争议一直没能得到解决，所以我们经常能看到新闻上说，印巴之间又因为克什米尔地区的主权问题爆发冲突，原因就是双方都认为自己拥有克什米尔地区的主权，可又因为上述的双方矛盾，谁都互相不承认，就导致了今天这种极为复杂的冲突局面。
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