魏晋南北朝时期的审判制度中，起诉制度并没有比较明显的变化，其主要变化就在于刑讯制度逐渐走向规范化以及“鞠狱不须责家人下辞”原则的出现。
当司法机关找到犯罪嫌疑人之后，就会将犯罪嫌疑人关押到牢狱中，为了对牢狱及犯罪嫌疑人进行有效的管理，一般都对其有相应的规定。例如：为了既要达到安全的关押案犯，同时还要按照罪行相应的惩罚罪犯，所以就需要对案犯根据他们的案件事实所侵犯的社会关系的严重程度而配备不同的刑具，这就是系囚。如南朝陈时规定：“囚并著械，徒并著锁，不计阶品。”
刑讯逼供是中国古代法官为了获得口供而采取的最常见的审判方式。为了获得供词，犯罪嫌疑人通常会受到残酷的用刑。换句话说，残酷的用刑在当时是合法的。因此，除了在公堂中对被告施加酷刑之外，司法官员经常在监狱来进行秘密刑讯。为了减轻因此而产生的冤假错案，在此期间，各朝统治者都制定了相关法律，以规范对囚犯所用刑讯工具的规格。
一、刑讯制度的规范化
由于刑讯逼供的合法性，一些司法官员盲目追求案件的结果，而忽视了案件的真相。因此，为了达到这一目的，犯罪嫌疑人通常会被用刑。在某些时期，对于那些拒不承认罪行的犯罪嫌疑人，一般都是采用极其残酷的刑讯手段，一般人都难以忍受。这就导致了一些犯罪嫌疑人为了减轻身体可能遭受的疼痛，只能承认罪行。
主审官员为了得到口供，就对其进行残酷的刑罚，而其无法忍受便承认了罪行，幸运的是，此案的县令能够明察秋毫。然而，并不是所有的司法官都是如此，所以不公正的案件必然还有许多。虽然在这一时期，许多统治者都曾试图对刑讯进行适度的规范与限制，然而大多都不是特别的成功。其中较为成功的是南朝时期梁、陈的测罚与测立制度的产生。
南梁时期专门针对刑讯设立了测罚制度。据《隋书》记载：凡系狱者，不即答款，应加测罚，不得以人士为隔。若人士犯罚，违捍不款，宜测罚者，先参议牒启，然后科行。断食三日，听家人进粥二升。女及老小，一百五十刻乃与粥，满千刻而止。
也就是说，测罚制度虽然也是刑讯的一种，但是不能无限制地适用。即使如此，这一时期的测罚制度也有着不能忽视的问题——测立的时间过长，一般人是接受不了的。基于这个原因，到了陈朝时期，测罚制度便有所发展，但是针对这些变化，在当时引发了诸多讨论。有的人认为梁朝的测罚制度过重，应该改革，而有的人则持反对意见。这些变化、思想都对后世刑讯制度的发展与完善奠定了基础。
二、“鞠狱不须责家人下辞”原则的形成和复审制度的变化
在曹魏时期，并没有这项制度。在晋朝时期，才出现这一制度的雏形。在当时，这项原则叫做“鞫狱须则家人下辞”，即若父母犯罪，子女是知情人，则必须到官府作证，否则便是违法;若子女犯罪，父母是知情人，则父母同样必须到官府作证。这项制度对于案件的审理有着积极的作用，体现了司法公正。
然而，这与儒家所倡导的孝有所冲突。随着法律儒家化进程的加快，在刘宋初年，对此项原则曾有过讨论。蔡廓认为当父母犯罪时，子女不应该上庭作证其犯罪，这是对于亲情和伦理关系的伤害。经过这次讨论，刘宋便对这一原则进行了修改，也就是“鞫狱不须则家人下辞”，若违反了这项制度，即使这个人对案件的侦破有功，仍然是要负刑事责任的。
魏晋南北朝时期的复审制度根据申请主体的不同而分为两类。第一类：罪犯及其家属对案件的判决不服时可以申请复审;第二类：郡县将他们不能审理的案件逐级上报。
在魏晋时期，当县一级的司法官将案件审理结束，作出判决后，并不能立马生效，要将案件及判决全部移送上一级司法机关即郡，郡的司法官会派它的下属督邮前去核查。在刘宋初期，与魏晋时期的情况类似，而随着督邮与当地官员的矛盾加深，后来都官尚书谢庄便主张改革复审制度，认为之前的制度郡守将案件交于督邮前去核查，督邮的官职并没有很高，只是徒有核查案件的名分，却没有真正的去研究核查案件，并不能真正的发现案件的不实之处，因而这种做法是不对的。
所以，刘宋时期对于案件的复核制度有了新的规定：“县审囚毕，上报到郡，并押送囚到郡，由郡守亲自复审。不能决的，移送廷尉解决。在地方，郡守不能决，先移送州刺史，刺史有疑，再归廷尉……自今入重之囚，县考正毕，以事言郡，并送囚身委二千石亲临复辨。比收声吞衅，然后就戮。若二千石不能决，乃度廷尉：神州统外，移之刺史，有疑亦归台狱。必令死者不怨，坐者无恨。”
而当出现犯人及其家属对原审机关的判决不服而上诉时，根据魏晋南北朝时期的法律规定，如果案件完结之后，发现错误，必须由原审机关或者上级机关进行复审。比如北魏法律规定：“狱已成及决竟，经所绾，而疑有奸欺，不直于法，及诉冤枉者，得摄讯复治之。检使处罪者，虽已案成，御史风弹，以痛诬伏;或拷不承引，依证而科;或有私嫌，强逼成罪;家人诉枉，辞案相背。刑宪不轻，理须讯鞫。既为公正，岂疑于私。”
三、直诉制度和死刑复核制度的形成
西晋时，民众有冤，可以通过挝登闻鼓直诉。史载：“时廷尉奏殿中帐吏邵广盗官幔三张，合布三十匹，有司正刑弃市。广二子，宗年十三，云年十一，黄幡挝登闻鼓乞恩，辞求自没为奚官奴，以赎父命。”从那时起，皇帝为了表达他对人民的关心，建立了登闻鼓制度。所谓的登闻鼓就是在皇宫大门附近悬挂一个大鼓，只要有冤屈的人就可以去皇宫旁边敲鼓，直接向朝廷表达他们的冤屈。
这种上诉制度，其主要目的是直接向朝廷表达冤屈，它是从前朝的谏鼓和其他广开言路为目的的制度演变而来的。登闻鼓的设置为有冤情的人提供了申诉渠道，皇帝也加强了对地方司法机关的监督和控制。隋唐以后，登闻鼓的制度逐渐从中央政府扩展到地方政府。
魏晋南北朝时期的死刑复核制度根据复奏的时间不同被分为两类。第一类：当初审的官员将该案犯判决成死刑的时候，那么这个案件连同囚犯都需要一起上报于皇帝。第二类：就是在执行死刑前，再次向皇帝上报询问是否执行死刑。
就第一类来说，被称为死刑复核制度。在东汉末年开始，战争不止，纷乱不停，国家也因此不再是一个统一的中央集权国家，有许多或大或小的割据政权。中央不能完全控制地方郡县长官的生杀权利。到魏晋南北朝时期，情况略好一些，皇帝在逐渐的收回被下放的权利，判决死刑和执行死刑就是其中的两项。
在这一时期，一些皇帝要求对于被判处死刑的案件应当上报皇帝，不能私自处刑。例如，北魏时期就有类似的规定，即各地有关死刑的案件必须上报，皇帝亲自审核，只有确定没有冤屈的案件才可以执行死刑。这就将死刑的决定权从地方收回到了中央。
在南朝时期也有类似的规定，再例如：在北魏太武帝时期，“当死者，部案奏闻。以死不可复生，惧监官不能平，狱成皆呈，帝亲临问，无异辞怨言乃绝之。诸州国之大辟，皆先漱报乃施行。”换句话说，凡涉及要被判处死刑等重大犯罪的案件都要上报朝廷，由专门负责审核的官员审查。
而后者，被称为死刑复奏制度。它指的是已经判决决定死刑的案件，在执行死刑之前还要再次上报于皇帝，请求皇帝核准。它的目的是给皇帝对于死刑案件最后的考量机会，以显示慎刑的态度。死刑复奏制度起始于何时并没有统一的说法。有些论著认为开始于北魏，然而根据《魏书·刑法志》记载：“谕刑者，部主具状，公车鞫辞，而三都决之。当死者，部案奏闻。”这只能说明死刑案件必须由皇帝核准，并不能说明这是死刑复奏程序。
而关于死刑复奏制度正式入律的时间则非常明确，根据《隋书·刑法志》记载：“十五年制，死罪者三奏而后决。”即死刑复奏制度在隋朝时期就正式入律。这就为唐朝时期的三复奏、五复奏奠定了基础。
简而言之，死刑复核制度的主要目的是加强皇帝对司法权的进一步控制，将地方司法官员的权利进行限制。毕竟死刑一旦执行，就不能反悔。难免会有官员以此来挟私报复，罔顾人命。所以，皇帝将死刑决定权收回，能大大降低司法不公案件的发生。只有这样，司法的作用才可以实现，法律也会被百姓所接受，社会才可以更加安定。
总结
魏晋南北朝时期的统治者比较重视改革。在魏晋南北朝时期，因其特殊的社会环境，各个朝代的统治者为了维持统治，安抚人心，都极其重视改革。其中孝文帝的汉化改革尤为著名。在北魏孝文帝时期，首先，他通过改革使得留在中原的汉人与鲜卑族相互融合，同时还参照了汉族的官僚体系改革北魏的官职。其次，孝文帝自身按照儒家的“礼”来要求自己，树立了良好的典范，通过运用儒家经典的学说去教育、训诫皇室宗族，当他们违法犯罪时，便对他们进行惩处判决，在这个过程中创新了诸多司法制度。
