要说锦衣卫制度的缘起，还得从元朝讲起呢。因为讲到底，锦衣卫不过是一支由皇帝直领的亲军，而这一传统，其实是在蒙古人入关建立起大元王朝的时候，带到中原来的。
据《元史》载，皇帝“内立五卫，以总宿卫诸军，卫设亲军都指挥使。外则万户之下置总管，千户之下置总把，百户之下置弹压，立枢密院以总之。遇方面有警，则置行枢密院，事已则废，而移都镇抚司属行省”。
也就是说，按照元朝的军制，内有总制亲军都指挥使统帅下的“五卫”，是为皇帝的亲军;外有行省下属的都镇抚司，才是朝廷的最高军事机构。而当朱元璋设置自己统属下的官职的时候，稍作修改，便照搬了过来。
如《明通鉴》所载，“(元至正十六年)秋，七月，乙卯朔，诸将奉太祖为吴国公，以元御史台为公府。……于是置江南行中书省，太祖自总省事。……置帐前亲军，以冯国用为总制都指挥使。”
至正二十四年，朱元璋称吴王，其后又将“帐前亲军指挥使司”重置为“武德、龙骧、豹韬、飞熊、威武、广武、兴武、英武、鹰扬、骁骑、神武、雄武、凤翔、天策、振武、宣武、羽林，十七卫亲军指挥使司”，皆为朱元璋直属的亲军。后来当朱元璋于洪武十年，“罢府及司，置锦衣卫。统军与诸卫同”(据《大明会典》)。其中所提及的“诸卫”，便是指此处的十七卫亲军指挥使司。
当然，除上文提及的“十七卫”以外，朱元璋亦曾沿袭前朝制度，设置过亲军卫、御中军(设置于至正十八年十二月)、拱卫司(至正二十四年)等机构，亦兼有禁卫的职能。
总而言之，即为朱元璋在创业的过程中，便始终有意地为自己保留着一定数量的由自己直属的亲军充当禁卫，尽管在这期间由于其身份的不断提升，实力的不断壮大，官制频繁变动，而这些直属的亲军，都一直牢牢地攥在他的手里，没有改变过。上文中笔者之所以称“一定数量”而非“一支”，其实是我们上文中所提到的十七卫、亲军卫、御中军、拱卫司等机构，都兼有禁卫的职能。而锦衣卫正是将以上机构中编制为禁卫职能的人员再注入到仪鸾司后，组建起来的。
当朱元璋将自己直属的亲军编制入仪鸾司，锦衣卫制度便正式登上了历史舞台。
洪武十三年胡惟庸案发，这对于朱元璋的刺激可是相当大的，于是他大幅度调整了大明的政治体制，宣布废除宰相制度、大都督府一分为五;同时，朱元璋还“以金吾、羽林、虎贲、府军等十卫职掌守卫宫禁。凡有支请，径行六部，不隶五军”，重新组织起一支由皇帝直属的禁卫军来。
其后的洪武十五年( 1382)三月，朱元璋宣布“改仪鸾司为锦衣卫，秩从三品”(据《明太祖实录》)，除扩编入上文提及的十七卫、亲军卫、御中军、拱卫司中部分禁卫职责编员外，又于民间大量招募力士，注入其中。并于洪武十七年“改锦衣卫指挥使司为正三品”， 居亲军卫之首，至此，对明朝历史有着深远影响的锦衣卫制度终于正式登上了历史舞台。
