魏晋南北朝，是中国历史上政权更迭最频繁的时期，主要分为三国、西晋、东晋和南北朝时期，时间跨度从公元220年曹丕篡汉到公元589年隋灭陈，前后共369年时间。魏晋南北朝时期称得上是中国历史上最混乱的时期，这一时期的思想却也是最活跃的时期：道教兴起，佛教传入，居于统治地位的儒学思想衰落。
玄学产生
东汉末年，延续几百年的征辟察举制度，名不符实的情况越来越严重，征辟察举或为外戚宦官把持，或为世家大族所左右，人才选拔严重背离儒家标准，“举秀才，不知书;察孝廉，父别居。”到了魏晋南北朝时期，门阀政治进一步发展，世家大族在很大程度上垄断了政治。九品中正制的推行，更是导致了“上品无寒门，下品无势族”的局面。对普通士子来说，儒学作为仕途的敲门砖已经不灵了。就好比说你就是通过高考，也考不上大学了，因为人家早就内定了。
于是，士子们或是出于对现实的失望，或是为避免直接卷入频繁的政治仇杀中，开始钻研“玄虚淡泊”的玄学。而统治者认为这种“玄虚”之说可补儒学之不足，有利于维护其统治，便有意无意地加以默许或提倡。魏晋南北朝近四百年的动乱与分裂，为玄学的流行提供了肥沃的土壤。玄学盛行，直至成为时代的主要哲学思潮;玄风大炽，以至于成为有闲阶级刻意追求的生活方式。玄学大大削弱了儒学在教育中的独尊地位。玄学成为魏晋时期取代两汉经学思潮的思想主流。
道教兴起
道教是中国本土的宗教，源自远古的多神教(中国人什么神都信)。秦汉的方士，西汉初年崇奉黄老之学，都是后来道教的早期雏形。道教发端于东汉末年，兴起于魏晋南北朝时期。著名的黄巾大起义，张角其实就是利用的太平道，他们靠着用符咒给人治病等名头发展信众。还有盘踞汉中30多年的张鲁，张鲁的五斗米道也是很早的道教形式。魏晋时期，道教分化为士族丹鼎道教和民间符水道教。茅山道人葛洪将道教神仙方术和儒家纲常名教相结合，构建了一套长生成仙体系，为士族丹鼎道教奠定了理论基础。而玄学的盛行，侧面促进了道教理论的发展。
北魏太武帝时期，封建史上第一位被皇帝承认的地天师——寇谦之，称奉太上老君之命，以去除“三张伪法”(张陵、张衡、张鲁)和礼教为原则对北朝道教进行改造，道教成为北魏国教，所以北朝历代皇帝都得临坛受道家法箓;南朝宋文帝时期，上清派传人陆修静吸收儒家、佛教仪式对南天师道进行改造。寇谦之和陆修静的改革，使道教教规教戒、斋醮仪范基本定型，各种规章制度全面系统。南朝梁时期，茅山大宗师陶弘景继续充实道教的神仙学说和修炼理论，构建了道教神仙谱系，广大了茅山上清派，使之成为今后的道门正统。
佛教传入
严格来说，佛教传入中国应该在公元前后，比如普遍认为东汉永平十年(67)，汉明帝派遣使者至西域广求佛像及经典，并迎请迦叶摩腾、竺法兰等僧至洛阳，在洛阳建立第一座官办寺庙——白马寺。但当时只能算是在翻译佛经，其实并没有多么广泛的传播，也没有多少信徒。南北朝开始中国佛教进入兴盛发展阶段。南北朝时佛教已遍布全国，出家、在家佛教徒数量增加很快，北魏《洛阳伽蓝记》记载洛阳城中寺庙鼎盛时达到1367所， 而北方的长安僧尼过万，南方的建业也有佛寺数百座。
魏晋南北朝在我国历史上是一个动荡不安，多灾多难的时代，战争迭起，换代频繁，政治极其昏暗。但是和它政治上的昏暗形成鲜明对比的是它思想上的解放。汉代儒学一统天下，处于独尊地位的局面被打破，随着道教的兴起，佛教的传入并且盛行，儒学的发展受到了严峻的挑战，儒学始终处于衰微状态。不过儒学衰落说起来，并不一定是什么坏事，因为汉武帝独尊儒术其实是为了帝国有统一的思想，为了更好地加强集权专制。
魏晋南北朝的学术思潮和玄学思潮来说，都在一定程度上反映了当时一部分知识分子改革、发展和补充儒学的愿望。他们不满意把儒学凝固化、教条化和神学化，故提出有无、体用、本末等哲学概念来论证儒家名教的合理性。他们虽然倡导玄学，实际上却在玄谈中不断渗透儒家精神，推崇孔子高于老庄，名教符合自然。此时期虽然出现儒佛之争，但由于儒学与政权结合，使儒学始终处于正统地位，佛道二教不得不向儒家的宗法伦理作认同，逐渐形成以儒学为核心的三教合流的趋势。
总而言之，魏晋南北朝是中国思想史上第二个集中爆发的时期，第一个就是先秦诸子的百家争鸣。奇怪的是，不论是春秋战国还是魏晋南北朝，中原大地都处于极度混乱的时代。虽然儒学在魏晋南北朝短暂的衰落，但是隋唐之后，凭借顽强的生命力和自我修正，儒家思想依然是无可争议的主流思想。
