这个问题比较复杂，个人猜测有三大原因。
第一，近亲结婚。清朝皇室一直延续满汉不通婚、旗人不与非旗人通婚的原则，所以清朝皇帝的皇后以及后妃一般都是满、蒙、汉的旗人女子。而皇室与满蒙贵族出于巩固权力和利益的需要，就会选择亲上加亲式的政治联姻，加之中国古代对近亲结婚也并不排斥，这样就很容易出现一代代的近亲结婚。时间一长，近亲结婚就会导致清朝皇室后代身体羸弱，生育能力下降，最终无法再大量诞育子嗣了。
第二，后宫规模。皇帝有一个庞大的后宫，绝不仅仅是为了享受，更多是为了绵延皇嗣，换句话说就是广撒网，提高生育子女的概率。所以，我们发现，但凡是后宫规模比较大的清朝皇帝，子女往往不少，而后宫规模比较小的皇帝，子女也相对不多。比如尤其到了清后期的几个皇帝，后宫已经很萧条了，所以到他们那儿也就绝嗣了。
我们可以来简单对比一下。
努尔哈赤后妃17人，子女24人;
皇太极后妃14人，子女25人;
顺治帝后妃32人，子女15人;
康熙帝后妃55人，子女55人;
雍正帝后妃25人，子女14人;
乾隆帝后妃41人，子女27人;
嘉庆帝后妃20人，子女14人;
道光帝后妃23人，子女19人;
以上无论子女多少，都是比较正常的。但其实我们也发现，以雍正帝为标志，清朝皇帝的生育能力已经在下降了。在雍正之前，除顺治帝有非正常死亡因素外，其他皇帝的生育能力极棒，十几个后妃就能生出二十多个子女，康熙55个后妃55个子女，平均一人生一个。但雍正是一个断崖式下滑，后面就更不行了，二十多个后妃也就生出十几个子女，而在野史中素以播种机著称的乾隆帝，其实播种效率不高，坐拥41个后妃，子女才27个，效率根本比不上努尔哈赤、皇太极和康熙等前辈。
我们再看看后面：
咸丰帝后妃18人，子女3人;
可以原谅，因为咸丰帝死得早，估计还没来得及再多生。
同治帝后妃5人，无子嗣;
光绪帝后妃3人，无子嗣;
宣统帝5个老婆，无子嗣。
基本上就是，后宫萧条，子女更萧条。
第三，个人心态。之所以清后期的几个皇帝子嗣凋零，跟个人心态也有关系。咸丰帝上任不久就遇上太平天国起义，折腾了十几年，中间又在第二次鸦片战争中被英法联军暴揍，连北京城都丢了。在这样的状态下，很难想象咸丰帝会稳稳地在后宫造小孩。
至于同治、光绪二帝，一生被慈禧压制，没有权力，诸事不顺，沉闷抑郁，后宫凋零，哪儿还有心思绵延子嗣呢?宣统帝溥仪呢，一登基就是国破家亡，小小的年纪就被宫女、太监捉弄，搞出了阳痿，再也无法生育子女。
