清代和准噶尔的恩恩怨怨持续了上百年，在乾隆朝的时候在真正完成了征服。在康熙时期，双方一共打了七年，两度大战，康熙三次亲征才消灭了噶尔丹汗的势力。
清代一统准噶尔的过程，并不是事先有计划的，三代皇帝身体力行完成了一统。实际上，清代和准噶尔的关系是非常复杂的，三代皇帝的想法也是不断在变化的。从公元1662年到1762年，百年时间才彻底的解决了准噶尔的问题。
清代统治者的政策是非常灵活的。通常情况下，周边的部落只要表示归顺，一般都会认为他臣服了。早期的时候由于准噶尔愿意名义上服从大清，所以清代也没有打算去占领准噶尔。毕竟清代初年的时候，主要的力量都是用来消灭明代的残余势力，不能够多方出击。
康熙继位以后，先是整顿朝政，收拾了权臣鳌拜等人，然后开始了平定三藩之乱。在这期间，准噶尔趁机发展起来，噶尔丹汗不断的吞并别的地盘。
等到康熙二十年，噶尔丹取得了西藏的支持，并且还征服了天山南部及中亚部分地区，他的势力迅速等到增强。不过康熙还是没有采取强力措施，尽量以和解的方式来讲解双方的问题，避免激化噶尔丹和清代的矛盾。
不过等到康熙二十七年的时候，准噶尔和喀尔喀爆发了战争，准噶尔打败了喀尔喀。喀尔喀战败以后，有数十万的蒙古人逃往清代的北部边境，这给清代带来了巨大的政治压力。如果康熙不收留这些人，喀尔喀将被吞并。可是如果康熙保护这些难民，必然和噶尔丹汗其冲突。所以准喀之战成为了康熙对噶尔丹用兵的导火索。
果不其然，噶尔丹向康熙索要喀尔喀部落首领。后面，双方还进行过一系列的和谈，不过最终走向战争。康熙从康熙二十八年就开始进行周密的部署，军队在各个战略要地进行了集结。同时，康熙一方面没收了噶尔丹1500人的商队，另一方面他还派出使者，让俄罗斯断绝对噶尔丹的援助。
康熙二十九年六月，康熙主动出击发动了乌尔会遭遇战。
康熙二十九年7月，噶尔丹吞兵乌兰布通，直逼北京城。不过康熙打败了他，但是并没有剿灭噶尔丹。
噶尔丹一方面表示对清代顺从，另一方面则不断的招兵买马壮大自己。为此，康熙也没有很好的办法解决。因为康熙率军队远征，噶尔丹如果不交战，很容易又逃跑。等到康熙撤兵以后，噶尔丹又会卷土重来。
康熙三十四年的时候，康熙决定用计诱使噶尔丹军队前来，然后伺机消灭他。不过，康熙还是没有成功。
康熙三十六年二月，康熙再次亲征噶尔丹，噶尔丹病死。
如果从康熙二十九年算起，一共花费了七年时间。
