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关于这个问题，我个人认为最重要的原因不是元朝统治者忌惮汉人，而是不相信汉人对元朝的忠诚。我们可以通过一个史例来分析。
李璮之乱：
在与蒙古宗王的征战过程中，中原地区的社会稳定与人力、财力支持都是至关重要的。可就在中统三年（1262年）初，当忽必烈与阿里不哥大战方酣时，中原地区也发生了针对忽必烈的武装叛乱——李璮之乱。
蒙古进入中原后，因兵员不足，常常驱使汉人武装为其效力，因此在中原地区逐渐涌现出不少半独立的地方军阀，其中比较强大的有真定史氏、保定张氏、东平严氏、益都李氏、济南张氏等。这些地方实力派，往往子承父爵、兄终弟及，拥有强大的军事实力，在当时被称为世侯。其中，山东益都李氏集团，脱胎于金末活跃于此地的红袄军，创始人为李全，李璮是这一集团的第三代领导者。
李璮与蒙古政权的关系，应当说是非常亲密的。他的岳父兼重要谋士王文统，是忽必烈中枢机构——中书省的平章政事，奠定了元初立国的规模。另有两位妻子来自黄金家族，是东道诸王首领塔察儿的妹妹。因辖区靠近南宋，李璮多次以抵抗南宋为由，拒绝服从蒙古的军事征调。当北方战事激烈进行时，李璮趁机发动叛乱，并很快占领了济南。
李璮叛乱虽然很快被平定，但对忽必烈的震动却很大。以真定史天泽为首的汉人世侯为摆脱干系，纷纷请求解除兵权。忽必烈趁机下令废罢各地世侯，实行地方官三年一任的迁转法。多年来危害中央集权的地方割据势力终于被铲除了。
李璮之乱，使忽必烈对长期倚重的汉人产生严重的猜忌心理，深受信任的平章政事王文统被捕，与儿子一同被处死，与王文统有关的汉人官僚，忠诚度都受到怀疑。相反，回回势力则开始抬头，他们对忽必烈说：“回回人虽然贪财，但不像汉人那样敢于谋反。”忽必烈的注意力开始转向色目人，对汉人则采取既使用又防范的政策。这种政策最后发展为有名的蒙古、色目、汉人、南人四等人制度。
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