建文帝朱允炆即位后，采取削藩政策，不仅监视燕王朱棣，还欲调走他的军队，朱棣发动靖难之役，起兵攻打建文帝。 1402年，朱棣攻占南京，方孝孺因不愿向这乱臣贼子投降，被批斗为奸佞之臣。
方孝孺虽辱骂朱棣，可朱棣却不能杀他，一方面是因为朱棣得势太快，不得民心，而方孝孺是建文帝最信任的人，若能得到他的支持，必定事半功倍。
另一方面是因为在起兵之初，姚广孝就跪下求他放方孝孺一命，靖康之难之中姚广孝出力最多，若直接杀死方孝孺，定会寒了谋士之心。
可方孝孺却不领他的情，自南京被攻破起，他就整日穿着丧服，上朝时他便不顾颜面地号啕大哭。
为留下惜才的美名，朱棣劝他说：“我只是效仿周公辅佐成王而已。”方孝孺反问为什么不把建文帝的孩子立为君主?朱棣看方孝孺油盐不进，只能放弃劝说他。
1402年，朱棣强迫方孝孺为自己草拟诏书，
方孝孺假意同意，拿起笔写下“燕贼篡位”四个大字，朱棣盛怒之下用诛灭九族威胁方孝孺，他不仅不畏惧，还反问说诛灭十族也不怕。
朱棣初得皇位，怎会容许别人挑衅自己?便下令将方孝孺车裂于街市，他也是历史上第一个在午门被凌迟的人。更惨的是，行刑当天朱棣让人把方孝孺的亲眷押来，当着他的面先行处决。
方孝孺（1357年-1402年），字希直，一字希古，世称正学先生，宁海(今浙江宁海)人，明初政治家、思想家、散文家。
方孝孺年少时师从宋濂，后隐居田园，教书度日，洪武后期任汉中府教授。1399年建文帝即位，召为翰林侍讲，迁侍讲学士，后改文学博士，政事多有咨询，倍受信任。
为官期间辅助建文帝，均免赋役，更定官制，精简机构，削弱藩王，大力推广新政。1400年，燕王朱棣誓师“靖难”，挥军南下京师。
惠帝亦派兵北伐，当时讨伐燕王的诏书檄文都出自方孝孺之手。
1401年，朱棣攻入南京，命方孝孺起草登基诏书，但他表示“虽灭十族，亦不附乱”，最终被杀，时年四十六岁，受其株连，死者达870余人。南明弘光帝时追谥“文正”。
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