凡事有因才有果，正所谓没有莫名其妙的爱，也没有莫名其妙的恨。袁崇焕因为军事才能极高而为崇祯所爱，又因为忠诚度不够而为崇祯所忌。袁崇焕被杀的罪名是“擅主和议、专戮大帅”，当然最重最大的罪名是谋叛。谋叛显然是诬蔑之词；“擅主和议”指的是袁崇焕为了拖延时间，曾经与皇太极议和，但事先并没有让崇祯知道；“专戮大帅”一项指的是袁崇焕未经请示，用崇祯赐予的尚方宝剑杀了皮岛统帅毛文龙。这两项罪名其实说到底就是怪袁崇焕总是擅作主张，对皇帝的忠诚度值得怀疑。
我们返回来看袁崇焕重新被崇祯起用的那一段。
崇祯即位后，不动声色地铲除了魏忠贤一伙儿，随即起用袁崇焕为兵部尚书兼右副都御史，督师蓟辽、兼督登莱、天津军务。从这里可以看出，皇帝对袁崇焕的信任度是相当高的。
崇祯首先问到了平辽战略，袁崇焕答道：“只要陛下全力支持我，我只要五年就可以收复全辽。”崇祯听了大喜。
一旁的给事中许誉卿并不相信，悄悄问袁崇焕：“五年真的就能收复全辽吗？”
袁崇焕其实也没有把握，踌躇着说：“陛下一直为了辽事焦虑，我这样说是为了安慰他。”
许誉卿道：“陛下英明，你怎么能随口一答？”
于是袁崇焕又找机会对崇祯说：“辽事本来不容易奏功，陛下既然委任于我，我也不敢因为难而推辞。但五年之内，户部供应军饷，工部供应兵器，吏部用人，兵部调兵遣将，要内外事事相应，才能有效果。”
崇祯听了他的话前后不一，已经有些不高兴了，但也答应了他的要求。袁崇焕于崇祯二年底被下狱时，皇太极已经打到与京师只一步之遥的通州，崇祯想到袁崇焕五年平辽的豪言壮语，显然是失望了。到了崇祯三年八月，收复全辽已经不见丝毫希望，于是袁崇焕被杀。
袁崇焕是历史上的忠臣、名将，但他也是个相当有心机的人，这一点并不广为人所知。魏忠贤权倾天下的时候，袁崇焕跟其他各地拍马屁的官僚一样，在辽东给魏忠贤建生祠。魏忠贤派太监监兵，袁崇焕也应付得很好。袁崇焕中进士的主考官、保荐他的御史等都是东林党人，在政治上属于魏忠贤的敌对派系。当时，魏忠贤大肆消灭东林党人，对袁崇焕还算客气，这不能不说与袁崇焕的手段与妥协战略有关。
袁崇焕刚开始受到崇祯重用、离开北京前去宁远时，也曾经担心熊廷弼和孙承宗背后被馋的命运会落到自己头上，于是他恨严肃地对崇祯皇帝说：“我制辽绰绰有余，但是杜谗不足。我一旦出了关，就在千里之外了。如果朝中有妒功忌能的人员，便足以坏事。这些人即便不能用朝中的权力来牵制我，也会瞎出一些主意来扰乱我的计划。”
崇祯听了这话，站了起来：“你不要疑虑，我一定会为你作主。”大学士刘鸿训请求赐袁崇焕尚方宝剑，崇祯也慨然照办，表示了对袁崇焕极端的重视。
袁崇焕在离开京师这个权力中心时，为了将来便宜从事，所作的事、所说的话都是为了向崇祯要更大的权力。这是袁崇焕本人没有想清臣子忠诚度在职业生涯中重要性的问题。
秦始皇统一中国时，曾经想派大将王翦攻打楚国。王翦说：“要攻打楚国，非六十万人不可。”秦始皇又问李信，李信说：“二十万人就足够了。”秦始皇笑道：“王将军老了，胆子也变小了。”于是派李信和蒙恬带二十万军队南下征伐楚国。王翦便称病回家了。不久，李信大败，秦始皇亲自跑到王翦的老家频阳，请王翦挂帅复出。于是王翦带兵六十万人出征，秦始皇亲自送到灞上。王翦临出发的时候，突然向秦始皇要求赏赐众多的田产宅第。秦始皇不以为然地说：“将军就要走了，怎么还发愁不能富贵呢？”王翦说：“为大王将，有功终不得封侯。所以趁大王还用得着我，我得为子孙作打算。”秦始皇大笑。后来，王翦在出征的路上，还先后派出五拨信使回咸阳，不为别的，只为向秦始皇请求封赏。秦始皇终于答应了。有人觉得王翦是在乞讨封赏，恨是丢人。王翦语出惊人地回答：“秦王生性多疑。如今我统领着几乎秦国的全部兵马，我不请求田园加深大王的信任，难道还要他疑心我吗？”（事见《史记·卷73·白起王翦列传》）
王翦高明就高明在他知道对于武将来说，忠诚度是职业生涯中最最重要的，只有让皇帝彻底地放心，绝对没有谋反的念头，他才能继续他的职业生涯。但从袁崇焕的立场来说，当时他这么做也没有什么不对。根据明朝祖制，大将在外，必有文臣（有时候是太监）监军。他要求更大的权力，也是为了不受牵制，好能大展宏图。
袁崇焕一到宁远，正好赶上军队因为朝庭拖欠军饷发生了哗变，发“内帑”就是袁崇焕在这件事后提出的。袁崇焕到了宁远后，修城增堡，置戍屯田，颇有成效。这期间崇祯对他是相当信任的，崇祯二年闰四月，袁崇焕“叙春秋两防功，加太子太保，赐蟒衣、银币，廕锦衣千户”。但不久后就发生了袁崇焕诛杀毛文龙事件（事见《明史·卷259·袁崇焕毛文龙传》）。
毛文龙，仁和人，最早为辽东大将。辽东失守后，毛文龙从海上逃回，乘虚袭杀满清镇江守将。因为毛文龙只将战果报告给了当时的广宁巡抚王化贞，没有报告给经略熊廷弼，熊廷弼与毛文龙开始不和。当时主事的人是王化贞，王化贞任命毛文龙为总兵，后来累加至左都督，挂将军印，赐尚方剑，设军镇皮岛。
皮岛（今海洋岛）又称东江，位于大海中，绵亘八十里，不生草木，远南岸，近北岸，北岸海面八十里即抵满清界，其东北海为朝鲜。地理位置十分重要，可以有效地牵制满清。
毛文龙蟠踞东江已久，素性倔强，为人又嚣张跋扈，还经常利用边塞之便大量贩卖货物，充作军饷。袁崇焕本已经对他不满，到任后，统一规划，“议更营制，设监司”；毛文龙觉得自己的权力被大大削弱，很不高兴，不同意袁崇焕的意见，语多傲慢。于是袁崇焕婉言劝毛文龙回家乡去看看，意思是他已经到了解甲归田的时候了。毛文龙在皮岛日久，自然不肯轻易放弃权利，大声说：“我早就想解甲归田，但只有我了解辽东事，等辽东事了，我再回家乡不迟。”袁崇焕“益不悦，谋益决”，杀机已现。
不久后，袁崇焕以邀请毛文龙到幄山看将士射箭为名，诱捕毛文龙。当时袁崇焕手下的部将有许多为毛文龙求情，认为他苦守皮岛多年，劳苦功高。袁崇焕不听，请出尚方宝剑，杀了毛文龙，并对众人说：“我只杀毛文龙一个，其他人无罪。”当时毛文龙手下有数万精兵在场，忌惮袁崇焕的威风，竟然没有一个人敢轻举妄动。
其时袁崇焕总掌兵事，毛文龙对他的权力和地位并无任何威胁，袁崇焕并没有令人信服的理由要杀毛文龙。他的动机，很可能有两点：一是出于个人情感，他实在是不喜欢毛文龙这个人；二是因为毛文龙跋扈难制，所以袁崇焕杀人以立威，这是新到任的统帅通常用的法子。但从后来可以看出，杀毛文龙带来了一系列的问题，还不包括袁崇焕因为此事引起了崇祯对他的猜忌。我们不能不说，在毛文龙这件事的处理上，袁崇焕是有极重的私心的，而个人恩怨有时候不但会改变双方各自的命运，还会改变历史的局部面貌，起到微力的作用。当这些微力足够多时，进而成为合力，影响到国家命运的走向。
从另外一点来说，袁崇焕确实有故意专擅的意思，一是将在外，君命有所不受，只要有利于国，专之可也；二是崇祯皇帝给了他尚方宝剑，为的就是让他便宜行事。但袁崇焕忘记了，帝王之心深不可测，君与臣永远不可能完全信任。
袁崇焕随即将毛文龙厚葬，亲自祭奠说：“我杀你，是朝廷大法；我祭你，是僚友私情。”随即将毛文龙手下的二万八千人分为四部，由毛文龙的儿子毛承祚、副将陈继盛、参将徐敷奏、游击刘兴祚分别率领。
崇祯二年五月，袁崇焕才上书崇祯，报告了杀毛文龙一事。崇祯听到后，“意殊骇”，意思是吃惊得不得了；他没有想到袁崇焕自作主张到了这样的地步，因为毛文龙不但是沙场老将，也是手持尚方宝剑的一方统帅。但因为毛文龙已死，国家必须有良将，崇祯还要依靠袁崇焕，只好“优旨褒答”。不久后又“传谕暴文龙罪，以安崇焕心”。显然崇祯的本意并不想这样做，只不过为了笼络袁崇焕不得已而如此。从这时开始，崇祯已经开始警戒，对袁崇焕又爱又恨之。
袁崇焕虽然杀了毛文龙，但担心毛氏旧部有变，为了笼络那些人，特地给毛的旧部增发军饷，向朝庭上书说：“东江一镇，牵制所必资。今定两协，马军十营，步军五，岁饷银四十二万，米十三万六千。”崇祯看了不能不怀疑，为什么兵员比以前减少了，军饷反倒增加了？但看在是袁崇焕奏请的份上，依然如数拨发。
崇祯一味迁就袁崇焕，不仅仅是袁崇焕当时握有重兵——当时袁崇焕麾下合辽、登莱、天津，及东江四镇兵十五万三千，马八万一千，岁费度支四百八十余万——更重要的是，他念念不忘的是袁崇焕“五年平辽”的誓言。对于还不到二十岁的年轻的崇祯来说，这誓言确实相当诱人。他愿意赌上一把。
可惜的是，袁崇焕增发军饷的这一招并没有效果，皮岛旧部“弁失主帅，心渐携，益不可用，其后致有叛去者”（《明史·卷259·袁崇焕传》）。可见毛文龙虽然嚣张跋扈，但却甚得军心，袁崇焕用人不知用人所长，可谓十分的失策了。
毛文龙之死并不单纯，很快就得到了验证。袁崇焕杀毛文龙后，毛文龙的两名义子孔有德和耿仲明立即领兵反叛，但也没有直接与明军交锋，只是沦为了海盗，不再奉袁崇焕和明朝号令。明朝自然不能容忍叛徒，攘外必须先安内，派大军攻打，孔耿二人不得已，只得航海去投降皇太极。这是明朝的又一失策。
皇太极听说孔有德、耿仲明渡海来降，亲自出迎，隆礼厚待，授都元帅、总兵官。孔、耿二人感激涕零，随即引清兵攻陷广鹿岛（又称光禄岛），守将尚可喜也投降。这几个人都得到了皇太极极大的信任，他们依旧各自率领着自己的兵马，尚可喜的士兵还被皇太极称为“天助兵”。皇太极“用人不疑”极大地招揽了明朝降将的心。
假如毛文龙不死，孔有德、耿仲明和尚可喜都是防边良将，这几个人的军事才华都在后来南下平定中原的战斗中得到了充分的验证。归根到底的责任，依旧在袁崇焕身上。
孔有德、耿仲明、尚可喜这三个人，加上后来投降的吴三桂，为满清平定中原立下了汗马功劳，他们所率领的军队成为八旗以外的最重要的武力。所以满清得天下后，封吴三桂为平西王，驻防云南、贵州；孔有德为定南王，镇守广西；尚可喜为平南王，驻防广东；耿仲明为靖南王，驻防福建，耿仲明死后，其孙耿精忠继立。
这四王中只有孔有德早死。顺治九年，李定国（张献忠义子，后联合南明永历政权抗清）攻破桂林。孔有德怅然失色，悲叹道：“完蛋了！”于是在王府内自杀，死前命随从将其所居后殿以及掠得的珍宝付之一炬。
巧合的是，孔有德自杀的王府是明朝靖江王府，靖江王朱亨歅父子于顺治六年被孔有德所杀。孔有德的妻子白氏自缢前将儿子孔庭训托付给侍卫白云龙，嘱咐道：“苟得免，度为沙弥。勿效乃父作贼一生，下场有今日耳。”白氏大概也不认同丈夫叛明投清的立场和气节，所以才用了“贼”字。可惜的是，孔庭训没有机会去当和尚，出城后就被李定国的部下查获，几年后由李定国下令处斩。只有孔有德的女儿孔四贞乘乱逃出，后来被满清封为和硕格格，嫁给了她父亲的旧部孙延龄，依旧驻守桂林。后来孙延龄跟随吴三桂叛乱，在孔四贞的劝说下，又打算重新投降清廷，却被吴三桂先发制人，派孙子吴世琮将孙延龄诓出桂林杀死。
（有一些野史记录说，顺治皇帝先是爱上了干妹妹孔四贞，后来遇到了弟弟博穆博果尔的福晋董鄂妃后，才移情别恋。因此有人说满清出多情种子，皇太极伤痛宸妃海兰珠之死，心脏病突发而死；多尔衮爱恋嫂子庄妃大玉儿，竟然始终不肯夺取庄妃儿子的皇位；而顺治为了董鄂妃“爱美人不爱江山”的爱情故事早就被荧屏演绎得凄婉缠绵，名气之大，流传之广，不亚于吴三桂的“冲冠一怒为红颜”。）
孔有德死后，剩下的三王就是后来著名的“三藩”。
孔有德、耿仲明、尚可喜等先后航海投降为满清带来许多兵马和船只，并且带来了西洋葡萄牙大炮。这种大炮是当时明朝最新式的武器。清军有了这种大炮以后，其攻坚和野战的能力大为提高了。这种大炮后来在满清跟李自成的作战中，起到了极为关键的作用。
要塞皮岛后来由明将沈世魁驻守，他跟尚可喜是死对头。在这样的情况下，沈世魁投降满清的可能性不太大。
皇太极征服朝鲜后，派清军（包括尚可喜部）对皮岛发动了猛攻。沈世魁果然力战而死。他的侄子沈志祥率皮岛四千军民逃至明朝另一海上要塞石城。因为沈世魁已死，沈志祥在军民的拥护下，自发地继承了叔叔的军队和总兵头衔。
本来正当用人之际，崇祯皇帝大可不必计较，小小的一个总兵头衔而已。但崇祯却对沈志祥的自作主张极为不满，这使他想起了当年袁崇焕擅杀毛文龙事件，于是下诏切责。沈志祥因此与明朝庭发生了争吵，一怒之下，率众降清了。此后，沈志祥成了清军一员猛将，曾在山海关攻打李自成，又助孔有德攻占湖南，以战功受封公爵。事见《贰臣传》第七卷。
袁崇焕为了拖延时间，完成收复大业，开始与皇太极和谈。此时努尔哈赤新死，满洲内部人心动荡，皇太极的地位还不十分稳固，他对和谈极有兴趣，立即作出有利反应。袁崇焕提出先决条件，要皇太极先除去帝号，恢复称“汗”。皇太极居然答允，但要求明朝皇帝赐一颗印给他，表示正式承认他“汗”的地位。
当时皇太极并没有一味跟明朝开战，而是千方百计地求和。他不但自己写信给明朝边界官员，还托朝鲜居间斡旋，托蒙古王公上书明朝。而他发动每一个战役，都是“以战求和”的目的。皇太极的眼光相当毒辣，有相当的自知之明。他清楚地认识到，以当时明朝和满清国力人力的对比，满清决计不是明朝的敌手；满清人口与兵力有限，经不起长期的消耗战，明朝的政治只要稍上轨道，满清就非亡国灭种不可。
皇太极还写信给崇祯皇帝说：“满洲国汗谨奏大明国皇帝：小国起兵，原非自不知足，希图大位，而起此念也。只因边官作践太甚，小国恼恨，又不得上达……今欲将恼恨备悉上闻，又恐以为小国不解旧怨，因而生疑，所以不敢详陈也。小国下情，皇上若欲垂听，差一好人来，俾小国尽为申奏。若谓业已讲和，何必又提恼恨，惟任皇帝之命而已。夫小国之人，和好告成时，得些财物，打猎放鹰，便是快乐处。谨奏。”（《天聪实录稿》）皇太极用辞十分谦卑。但崇祯毫不理会，对满清始终坚持“不承认政策”，还妄自尊大，激怒了皇太极。等到崇祯末年，农民军力量壮大，崇祯皇帝再想与满清议和，已经晚了。
崇祯二年（公元1629年）皇太极见辽西方面袁崇焕坚城难攻，改变战略，避开袁崇焕，亲率重兵绕过山海关天险，攻破长城大安口，从龙井关入，先后攻克遵化、蓟州、顺义、通州，直逼京城。
当时袁崇焕赶回京师勤王，在广渠门外扎营。崇祯皇帝听说袁崇焕马不停蹄地赶来护卫京师，颇为感动，立即召见，并加以慰问，赐食物和貂裘等物。袁崇焕以士兵马屁疲劳为由，请求进入城中休息。崇祯皇帝没有答应。
崇祯的考虑主要有两点：一是清兵就在离京师不远的通州，已经逼近北京城下；袁军大队人马进城，保不齐会让皇太极乘虚而入。二是自从袁崇焕擅杀毛文龙以来，这种顾虑就一直浮现在他的心头——袁崇焕目前领着明朝最精锐的军队，消耗着明朝大多数的军饷。因为国库空虚，朝庭缺饷，甚至袁崇焕还提出了发“内帑”，“内帑”就是皇帝私家库房的钱。崇祯曾经为此很不高兴，不愿把自己的钱拿出来，但在袁崇焕的一再催促下，最后不得已地拿出钱来（李自成攻破北京后，府库清单所列，府库存银三千七百万两，金数千万两，而户部仅银四十万两、捐银二十万两。国库之虚月皇帝的私人小金库还形成鲜明的对比）。袁崇焕为手下拼命争取利益，甚至动用了皇帝的小金库，自然得兵士死力，至少在崇祯是这样认为的。袁崇焕不知道他已经犯了帝王的大忌。
但久居深宫的崇祯并不真正了解军饷已经恶化的程度。实际上所有应该了解的明朝皇帝没有一个人了解。
永乐一朝明成祖朱棣设九边，各边为进行备战与士兵给养所需的军饷，最初多仰给于屯田。正统后，军饷逐渐由京师太仓供应。各边额数，弘治、正德间，每年约四十三万两；嘉靖时的最高额，每年为二百七十余万两；万历时，每年则达三百八十余万两，相当于明朝每年田赋收入的总数。军饷成为明朝财政日益拮据的重要原因，加上各级军官的残酷盘剥，又使饷银短绌，军士往往生活无着，不得不骚扰平民百姓，渐渐军入匪寇。就连宁远这样的国防第一要地，欠饷已经达数月之久，为了军饷问题已经发生了多次军变。袁崇焕不得已杀了几个为首的军官，暂时平息了局势。可是军饷迟迟不到，兵士又开始哗变。朝廷一次又一次地欠饷，袁崇焕鉴于户部实在拿不出钱来，这才提出了发“内帑”的要求。
既然皇帝不让进城，于是袁崇焕继续出城驻守。他并不出兵与清军交战，只派小股队伍出去，与清军鏖战，互有杀伤。
其时袁崇焕因为急于救援，带来的兵力较少。按照他的策略，他预备等到各地勤王大军到来，再以优势兵力对清兵进行彻底的反击。皇太极孤军深入，已经犯了兵法大忌；按照袁崇焕的想法，完全有可能将清兵包围，并一次性地击溃。
皇太极也是用兵高手，他自然猜到了袁崇焕迟迟不肯出战的用意。为了逼迫袁军早日与清军决战，皇太极派人在北京郊外大举烧杀。
北京城中的许多官僚们都有大批产业如庄园田产在城外。因为关系着自己的身家财产，于是这些人联合起来，跑到崇祯面前，说袁崇焕不肯出战，是别有用心。北京城中也开始流言蜚起，许多人说清兵是袁崇焕引来的，目的在“胁和”，使皇帝不得不接受他一向所主张的和议。甚至有人站在城头向城下的袁军抛掷石头，骂他们是“汉奸兵”。
崇祯看到袁崇焕迟迟不肯决战清兵，又听到北京城了谣言四起，不禁更加忧虑重重。谣言总是容易被人相信，何况几年前袁崇焕确实曾与皇太极进行过暂时停战的谈判。皇太极恰到好处地用了一招“离间计”，崇祯终于将袁崇焕下狱。这里提一句，崇祯这个时候才十八岁。
［这里不加多述皇太极的离间计，总之就是“陈平间范增”、“周瑜弄蒋干”之类的伎俩，明眼人一眼就能看穿的老把戏。不过那时的满清是断然想不出来的，此计为明朝秀才范文程所出。范文程是宋朝名臣范仲淹的十七代孙。范仲淹是北宋杰出的政治家、军事家、文学家，曾经指挥北宋抵抗西夏的战争，有“军中有一范，西贼闻之惊破胆”的时谚；范文程的曾祖范鏓是正德间进士，官至兵部尚书，《明史》有传。万历四十六年，公元1618年，努尔哈赤因“七大恨”跟明朝开战：“我祖宗以来，与大明看边，忠顺有年。只因南朝皇帝高拱深宫之中，文武边官，欺诳壅蔽，无怀柔之略，有势力之机权，势不使尽不休，利不括尽不已，苦害侵凌，千态莫状。”努尔哈赤打到抚顺时，范文程主动来投，并用劝降抚顺守将李永芳作为见面礼。抚顺被陷，打响了满清［当时叫后金，皇太极即位改国号为清］对明作战的第一炮。满清后来得国，都是汉人引导进来，范文程就是首魁。范文程在历史上是个颇为神秘的人物，他是名门之后，不能继承祖先“先天下之忧而忧，后天下之乐而乐”的风范，竟然主动投敌，着实令人费解。而且那个时候还是万历年间，满清才刚刚开始崛起，并不如后来那样声势浩大。当时努尔哈赤尚无意于入据中原，专发挥其仇视汉人的观念，得儒士辄杀，得平民则给满洲人为奴。在这样的情况下，范文程主动投怀送抱实在是需要几分勇气的。不过从范文程后来的种种表现来看，他确实是个值得钦佩的战略高手，大清立国，他是当仁不让的首功。对于范文程投清的背景，如今已经无法揣测。也许范文程确实是个有眼光的人，他早已经看到未来将是满清的天下；权势和名利在许多时候都会激活人性中的卑劣，这大概是最可能的原因。范文程事迹见《清史·卷232·范文程传》。他的二儿子就是范承谟。三藩叛乱时，范承谟时任福建总督，不肯投降，说：“既委身事主，父母之身，即君之身。古云：‘君忧臣辱，君辱臣死’。”为耿精忠所杀。由于范氏家族是关东巨族，又因为范氏一门在满清朝庭中的地位，三藩起事时势力极大，鹿死谁手尚难预料，范承谟之死在当时影响极为深远，著名戏剧家李渔认为范承谟的舍生取义可以与宋朝的爱国英雄文天祥相提并论。］
得到袁崇焕下狱的消息，皇太极大喜，立即自良乡回军，至芦沟桥，击破明副总兵申甫的车营，迫近北京永定门。崇祯催促武经略满桂（袁崇焕手下大将）出战，满桂出兵后全军覆没，此时离袁崇焕下狱不过半个月。
袁崇焕手下另一员猛将祖大寿本来率军营救京城，看到袁崇焕下狱，掉头冲出山海关北去。祖大寿曾经犯了军法，孙承宗要杀他，因为爱惜他的才华，暗中让袁崇焕出面救解。祖大寿感激袁崇焕的恩情，从此对袁崇焕死心塌地。
崇祯将祖大寿叛出山海关的消息告诉了狱中的袁崇焕，让他写了一封书信给祖大寿，劝祖大寿回头。祖大寿这才重新回兵，意图打胜战立功，以救出袁崇焕。祖大寿和清兵接战，收复了永平、遵化一带，同时切断了清兵后路。皇太极于崇祯三年（1630）自率大军退还盛京，留下二贝勒阿敏驻守关内四城。
袁崇焕被下狱前，从各地赶来北京勤王的军队很多。袁崇焕下狱的事情对各路兵马军心打击很大，将领们生怕自己也像袁崇焕这样遭了毒手。再加上欠饷和指挥混乱，山西和陕西的两路援军竟然都溃散回乡。许多兵士因此而加入了李自成的队伍，成为“流寇”的骨干。
袁崇焕于崇祯三年（1630年）八月被杀，十月初，崇祯开始重新派太监前往北部边境监军。1627年崇祯皇帝即位时本已取消这种做法。皇帝改变了主意，充分表明他对文武官员愈来愈不信任。而朝廷里经常不断地勾心斗角，崇祯跟他的祖先们一样，感到太监更有用，因为他们直接对他负责。
袁崇焕无罪被杀，对明朝整个军队士气打击非常沉重。从那时开始，明朝才有整个部队向满清投降的事。袁崇焕既忠且能，尚且是这样下场，何况其他人。
而袁崇焕被杀后，朝庭中从前支持他的大臣也跟着倒霉。首辅韩爌因为与袁崇焕关系密切，被迫辞职，他是袁崇焕考进士时的主考官。其他的还有刑部尚书乔允升和左都御史曹于汴。一直支持袁崇焕的大学士钱龙锡也被处死。
有人说，因为袁崇焕妄杀了毛文龙，所以崇祯才误杀了袁崇焕。袁崇焕被杀，不但是他本人的悲剧，也是崇祯皇帝的悲剧，更进一步说，是整个大明王朝的悲剧。“自崇焕死，边事益无人，明亡征决矣”（《明史·卷259·袁崇焕传》）。然而对于明朝来说，这还远不是悲剧的高潮。高潮一直要到1644年才会出人意料地来到。
袁崇焕被时人称为“袁长城”。袁崇焕死后，明朝只剩了最后一座人造的长城，山海关就是明朝最后的屏障。
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