朱元璋建立明王朝以后，中原、江南、闽广等地虽已属明朝管辖，但四川仍有业花决收判岩别阶向北夏政权统治；云南受元宗编室梁王所控制；秦晋关短育聚之及工材末厂陇地区，有军阀零星割据；元顺帝虽已从大都迁到上千夫都，但还保存着完整的政府机构和一定的军事力量；东北地区又有元丞相纳哈出率领的二十万元军驻在金山一带。面对上述割据形势，朱元璋建国后的首要任务，就是要继续完成全国的统一事业。朱元璋任命徐达为征虏大将军或企营行议供，常遇春为副将，率二十五万右大军，北取中原。徐达与常遇春进军顺利，很快就攻下了山东。接着，就由山东折而向西，分水陆两路进攻河南。当时，元兵五万在洛水以北布阵，常遇春身先士卒，汉作住顶社所脱诉勇猛冲击，元军溃败，追赶五十里，元河南行府平章梁王阿鲁温投降。当年五月，朱元璋亲自到汴雷什烈梁，听取徐达、常遇春等将领关石械行安曲乎机技答球调于北伐军事情况的汇报，副报皮作做呀来蒸部署下一阶段的战略步骤。自七月，徐达与常遇春诸将连下河北诸郡。北伐军以高屋建瓴之势，酸学罪红宜目向大都（今北京）推进。二十七日攻克通州，二十八日夜，元顺帝和后妃太子出建德门，由居庸关北走，逃往上都。八月二日，北伐军包围了大都，由齐化门进入都城。徐达军令严肃，俘获元监国淮王帖木儿不花和丞相庆童等斩之，其余不卷学原许滥杀，封府库，登记图书宝物，派兵千人守宫殿门，制止士卒抢掠，因而城中居民生活如常，商店照常营业。
徐达攻下大都后，就率及师西征秦晋。元顺帝北走上都时，命当时在山西的扩廓帖木儿率兵出雁门关，经居庸关反攻大都。徐达得到这一消息后，并不回救大都，却抓住扩廓帖木儿率兵远出的机会，乘其不备，直抵太原。扩廓帖木儿到达保安，听到明军进攻他的老巢，连段怎燃般忙还军急救，半路上遇到徐达所率明军的夜袭，仅以十八骑逃到大同，后转到甘肃。
洪武二年（公元1369年）六月，朱元璋派常遇春率步兵八万、骑兵一万，自北平往取开平（元上都）。常遇春所率部队，经三河，过惠州，在锦川打败元将江文靖。进驻全宁，打败元丞相也速。进攻大另相我妈挥式指征兴州，擒元丞相脱诉具绝化白告再井言火赤。遂由新开岭攻克宣除雷白开平，俘宗王庆生及平章鼎住整族本其输厂毫输银好等斩之，共俘虏将士万人，马三千匹及牛五万头。元顺帝逃往漠北，常遇春凯旋班师。
洪武三年（公元1370年），朱元璋命徐达为征虏大将军，李文忠、邓愈为左副将军，冯胜、汤和为右副将军，统率大军，往征沙漠，兵分东西两路。四月，徐达率西路军出安定，于沈儿峪口大败扩廓帖木儿，擒元郯王、文济王及国公阎思孝、平章韩扎儿等官员一千八百六十五人，俘获将校士兵八万四千余人，获马一万四千余匹，扩廓帖木儿仅与妻从宁夏逃奔和林。李文忠所率东路军，出野狐岭，至开平，攻破应昌。这时，元顺帝已死，元嗣君爱猷识里达腊的嫡子买的里八刺并后妃、宫人、诸王等数百人遭擒获。爱猷识里达腊逃奔和林旧都。
洪武四年（公元1371年），朱元璋部署南北两路大军向四川进军，一路军由汤和率领，一路军由傅友德率领。德明军至重庆，主明异降，夏亡。
洪武五年，朱元璋又命徐达为征虏大将军，李义忠为左副将军，冯胜为右副将军，三路出兵“清沙漠（当时明朝对蒙古用兵称为清沙漠）。二月，徐达率领中路出雁门，至野马川打败蒙古军队。五月，至岭北，扩廓帖木儿与贺宗哲合兵来战。明中路军战败，死伤数万人，徐达不得已收缩回守。这次战役以后，朱元璋感到蒙古军事力量一时难以全部平定，就改变以防御为主的战略。
洪武十四年（公元1381年）九月，朱元璋命傅友德为征南将军，蓝玉、沐英为左右副将军，统率十三万大军，出征云南。从南京龙江出发，经湖广趋向贵州。十二月攻占普定、普安。元朝封在云南的梁王，即派司徒平章达里麻率军十余万驻守曲靖，阻止明军前进。傅友德派出奇兵从白石江下游渡江偷袭敌营，自己则从正面攻击，前后夹攻，攻克曲靖，俘虏达里麻。接着，傅友德去接应由川入滇的郭英、胡海所部，蓝玉和沐英则率部向昆明进军。洪武十五年（公元1382年）正月，蓝玉、沐英率军抵达昆明城郊，元梁王孤应无援，与妻子一起投滇池自杀。右丞观音保以昆明投降了明军。二月，傅友德、蓝玉、沐英率军进攻大理。大理地势险要，难以攻打。蓝玉和沐英商定，派军从小路绕出点苍山后，攀登而上。第二天黎明，上下夹攻，大败敌军，一举攻克大理。接着，明军乘胜攻取鹤庆、丽江等地，其他各地也望风归降，云南全境平定。
洪武二十年（公元1387年）正月，朱元璋命冯胜为征虏大将军，率军二十万征讨盘踞于北部的纳哈出。纳哈出孤军无援，同年六月投降了明军，所部二十万众也陆续降明。
朱元璋自建立明朝后，又用了二十年时间，才基本上完成了对全国的统一。
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