历史对这位太子的记载并不公道，司马迁在《史记》中只是寥寥数笔，却还是侧写旁描。所以，我们想要完整地了解这位扶苏太子，在今天的确是一件难事。
据史料记载，秦始皇因不满一些儒生的复古言论，在李斯的煽动下，于咸阳坑杀了四百六十余名儒生。
扶苏知道后，劝谏道:“天下初定，远方黔首未集，诸生皆诵法孔子，今上皆重法绳之，臣恐天下不安。唯上察之。”
秦始皇大怒，将其赶出宫廷去北边给守卫北方的蒙恬作监军。蒙恬，《史记》记载，“始皇二十六年，蒙恬因家世得为秦将，攻齐，大破之，拜为内史”，秦扫六合后，“乃使蒙恬将三十万众北逐戎狄，收河南。
筑长城，因地形，用制险塞，起临洮，至辽东，延袤万余里”，蒙恬还建造了秦直道，“自九原抵甘泉，堑山堙谷，千八百里”，“暴师于外十余年，居上郡。是时蒙恬威振匈奴”。
秦始皇为什么要大怒，除了他性格残暴刚愎自用外，另一个主要原因是扶苏所言乃“柔慈”之语，在这位祖龙眼里，这位长子与自己的行事路线格格不入。
细思扶苏的劝谏之言，可谓中规中矩，合情合理。
第一，天下虽然已定，但远地的百姓还四散各处，这样坑杀儒生只会惹来他们的恐慌;第二，儒生们又没有犯什么大错，父亲这样做未免太残酷了些。
如果可以结合所有有关扶苏的历史记载，我们就得出了这样一个结论:扶苏并不是只这一次上谏秦始皇的。
《李斯列传》记载:扶苏以数直谏上;农民陈胜也说:扶苏以数谏故，上使外将兵;赵高伪造的将扶苏赐死的诏书中，也称扶苏“乃反数上书直言诽谤我所为”。
这一切记载都说明了一件事:扶苏经常会对秦始皇的一些所为劝阻，并说出自己的理由。
由此可知，他们的父子关系自然好不到哪里去。扶苏被派往蒙恬处作监军是始皇三十五年(前212年)的事，直到始皇三十七年(前210年)七月扶苏被矫杀，两年时间里，秦始皇从未过问过扶苏。
但就在秦始皇临死之前，却“乃为玺书赐公子扶苏，上写‘与丧会咸阳而葬’”。
不管父子之间的关系到底怎样，秦始皇在死之前还是很清醒的。他二十多个儿子中也只有扶苏堪当大任，况且又是长子，遵古制，自然会立他为太子。将玉玺赐给他，并让他赶回咸阳参加自己的葬礼。
可惜的是，这“玉玺”和“书”并没有到扶苏手里。
被当时的赵高与一直跟随秦始皇巡游的小儿子胡亥拆开了。几个在秦始皇身边的人就一同商议，伪造了秦始皇给丞相李斯的诏书，立胡亥为太子。又伪造了一份赐给扶苏的诏书，用皇帝的玉玺把诏书封好。诏书大意如下:
我巡视天下，祈祷祭祀各地名山的神灵以求长寿。
现在扶苏和将军蒙恬带领几十万军队驻守边疆，已经十几年了，不能向前进军，而士兵伤亡很多，没有立下半点功劳，反而多次上书直言诽谤我的所做所为，因不能解职回京当太子，日夜怨恨不满。扶苏作为人子而不孝顺，赐剑自杀!将军蒙恬和扶苏一同在外，不纠正他的错误，也应知道他的谋划。
作为人臣而不尽忠，一同赐命自杀，把军队交给副将王离。
据《史记》记载:当胡亥的门客捧着诏书到上郡见到扶苏，打开诏书念毕，扶苏就哭起来，进入内室想自杀。蒙恬阻止他道:“皇上在外，没有立下太子，派我带领三十万大军守卫边疆，公子担任监军，这是天下的重任啊。
现在只有一个使者来，您就立刻自杀，怎能知道其中没有虚假呢?希望您再请示一下，有了回答之后再死也不晚。”使者连连催促。扶苏为人仁爱，对蒙恬说:“父亲命儿子死去，还要请示什么!”立刻自杀而死。使者回来汇报，胡亥、李斯、赵高都非常高兴。到咸阳后发布丧事，太子胡亥立为二世皇帝。
任命赵高担任郎中令，常在宫中服侍皇帝，掌握大权。
后人会有个疑问，为什么赵高有十足的把握扶苏真能自杀呢?只是因为赵高对扶苏太了解了。《史记·赵高列传》中记载:赵高说，扶苏“刚毅而武勇，信人而奋士”。也正是有对扶苏这样的认识，所以赵高与胡亥的奸计才得逞。
不知这是赵高之狡诈还是扶苏之愚蠢。后人对扶苏的评价颇多，苏轼在《东坡志林》中关于他的评价是“故其子如扶苏之仁，则宁死而不请”。明朝首辅张居正说:“扶苏仁懦。”
苏轼评价扶苏之死，认为父让子死，子不得不死才算是孝。而张居正却认为，扶苏虽然“仁”，却是愚蠢之仁，愚蠢之孝，不足为后世效法。
苏轼与张居正一个肯定扶苏，一个否定扶苏，或许是真心实意的，或许只不过是当时所处形势需要他这样来讲从而达到自己的目的。
但无论怎样，扶苏还是自杀了。按他的话来讲，“父亲命儿子死去，还需要请示吗?!”这句话绝不能用一个“孝”字就能解释得了的。
扶苏是孝，但孝并不意味着唯命是从。如果用百依百顺来解释孝，那扶苏堪称不孝。他总和父亲有分歧，有分歧自然就免不了争吵。有争吵就是不顺不依，不顺不依就是不孝了。
可当他听到父亲赐自己死的假诏时，何以即刻拔剑而自裁?一切都是因为秦始皇所受的法家教育，而最致命的就是，扶苏太了解有着法家思想的父亲了。
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