朱元璋在位时期，一心培养自己的长子朱标，希望他将来能承袭大统，可是太子朱标天不假年，在37岁的时候就突然病逝，让朱元璋老来悲痛，白发人送黑发人。皇位继承人死了，朱元璋只好在挑选一位做继承人，他不想打破自己定下的长子即位法则，于是将其他儿子排除在外，挑选了长子朱标的长子朱允炆，做了皇太孙。这也为朱元璋死后明王朝的动乱埋下了伏笔。
朱元璋死后，年仅21岁的皇太孙朱允炆即位称帝，年号为建文，史称建文帝。在没有即位之前，年轻的朱允炆就对叔叔们权力过大而担忧，曾屡次隐晦地向爷爷朱元璋表达的自己的想法，可是却没有得到认同。因此，朱允炆在刚即位的几个月中，就开始考虑怎样增强自己的皇权而同时削弱叔叔们的权力，并且成功利用或有或无的罪名对那些势力较弱的叔叔采取了行动。周王朱橚是第一个倒台的，接着是代王朱桂、湘王朱柏、齐王朱榑以及岷王朱楩，一年之内朱允炆将五个举足轻重的叔叔废黜，燕王朱棣便成了下一个目标。
朱允炆认为燕王朱棣是他最棘手的敌人，因此在行动上很小心谨慎；可是，这样一来反而给了燕王朱棣集结部队和作准备的时间。此后不久，燕王朱棣誓师抗命，打着“清君侧”旗号起兵“靖难”，史称“靖难之役”，开始了长达三年的军事斗争。
在靖难之役刚开始的时候，燕王朱棣并没有兵力上的优势，而朱允炆则有一支三倍于燕王军队的常备军。但是，随着战争时间的延长，朝廷指挥不当、兵力孱弱、内部松懈的缺点严重影响了战局，一路节节败退，许多将领投降了燕王朱棣。朱允炆在位的第4年，燕王军队渡江直逼南京城下，谷王朱橞与曹国公李景隆开金川门迎降，京师遂破。燕兵进京之后，在一片混战中皇宫大院起了火。当火势扑灭后在灰烬中发现了几具烧焦了的残骸，已经不能辨认，据太监说这些是皇帝（朱允炆）、皇后和他的长子朱文奎的尸体。后世之人评价朱允炆说，他年轻有为，革除了朱元璋时期的很多弊政，是一位仁德之君，却因为削藩一事，闹得众叛亲离，被亲叔叔赶下了台，实在令人同情。
此后，燕王朱棣登位称帝，将忠于朱允炆的大臣剥皮的剥皮，下油锅的下油锅，把他们的女眷罚到教坊司当官妓，实行残酷的“转营”，即轮流送到军营中去，一个女子每一日一夜要受军士们的凌辱。朱棣采用暴力手段，通过残酷镇压异己势力，使得自己的皇位逐渐稳固。但朱允炆的下落终成为一件悬案，谁也不能肯定他是否真的被烧死了；后来对他抱同情心的历史学家们都说他乔装成和尚逃离南京。当时官方的记载当然只能说皇帝及其长子已死于难中；否则，燕王朱棣就不可能名正言顺地称帝了。朱允炆最后的真正命运仍然是一个谜。
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