话说明神宗亲政之后，励精图治，一心中兴大明，再创太祖之威，每天治理朝政10余个小时。他下旨废黜考成法等张居正揽政时期出现的各种弊端，安抚流民，减少徭役，大大缓和社会矛盾。
明神宗一生之中开展过三次大规模军事行动，一是平定哱拜之乱；而是派兵援朝抗日；三是平定杨应龙叛乱，后世将这三次军事行动并称为“万历三大征”。
哱拜原隶属蒙古鞑靼部，嘉靖年间哱拜大汗率部归降明朝边将郑印，后被明朝封为宁夏副总兵。但哱拜狼子野心，并不是真心臣服大明，于是私下蓄养大批奴仆，组成“苍头军”，时刻窥探大明动静，见明军兵马不整之时，于1592年扯旗反叛，企图占据宁夏，自立为王。
明神宗一面命叶梦熊赶赴宁夏作战，一面命李成梁出征宁夏。李成梁当时并不在宁夏。多方打听后，才知道他远在辽东，便命其子李如松前往。
1592年9月，明军攻破宁夏城南城。但是，叛军退据的大城依然易守难攻，明军连番攻打但屡屡受挫。监军梅国桢秘密派人将一封信交给守将哱承恩，许多给予好处利益，让其倒戈大明，哱承恩在利益面前与哱拜翻脸，并且互相攻杀。9月18日，明军进城剿灭了哱拜苍头军，哱拜见大势已去，挥刀自杀。至此，宁夏平定。
同年，日本丰臣秀吉派兵入侵朝鲜，因朝鲜与大明为宗主国关系，明朝是君，朝鲜是臣，臣子有难，君主理当营救。朝鲜李朝故向大明求援，明神宗早知日本狼子野心，拿下朝鲜之后，必定会以其为跳板袭扰大明。日本连年作战，大名之间相互攻杀，因此士卒十分善战，而朝鲜一方则缺兵少将，加之宫斗严重，时刻都有被日本吞食的危险。
明神宗遂派遣大军援朝，最终在联军的奋战之下，日军被击溃，但明朝此役也损兵折将严重。进入战争末期之时，丰臣秀吉突然死去，日本远征军无心恋战，遂撤退回国。不久后德川幕府建立，因其奉行温和态度，因此日本侵犯邻国的野心暂且搁置。
此一战，虽然中、朝、日三方都付出惨重代价，但是却奠定了东亚300年格局，《明史》将其赞为“东洋之捷，万世大功。”但这次出兵援朝，明朝元气大伤，辽东精锐消耗严重，而此时的后金满清却在逐渐崛起，辽东军的损耗导致无力抵抗满清，最终进入尴尬局面。万历朝鲜战争如今再看实属无奈之举，如果不出兵，朝鲜一旦被日本吞并，日本的势必在东亚做大，而后成为大明心头之患，到时候免不了还是一战。因此这场仗避免不了，不得不打，不能不打。而出兵必定损兵折将，最终吃亏的还是自己。明朝这一战其实是处于被动状态，最终无论出现什么结局自己都赚不到便宜。
万历朝鲜战争之后，紧接着进入平定杨应龙叛乱之战，1590年，杨应龙叛乱，烧杀抢掠，公然叫板大明皇帝。明神宗有心征讨，但是哱拜叛乱与朝鲜求救迫在眉梢，因此无力打击杨应龙。没想到杨应龙突然上书朝廷，表示愿意戴罪立功出兵朝鲜与日军作战。明神宗允许，但杨应龙还没有到达朝鲜战场，日军已经退走。杨应龙遂返回四川播州，隔了四年，突然又反，此次造反作乱波及四川、贵州、湖广等地，造成大乱。
1599年2月，明神宗为了剿灭杨应龙命令此时还在朝鲜战场的几支部队迅速开拔西南战场，其中包括大明最能征惯战的刘挺部队。杨应龙不得民心，最终于1600年被击败，杨应龙下落不明，有说自焚而亡，有说自缢而亡，有说逃入海外。
虽然杨应龙之乱平息，但是明朝的气数被消耗严重，从此一蹶不振，最终大明王朝落入满清之手。
纵观“万历三大征”，全部都是处于被动局面，打了赚不到便宜，不打还不行。但不论怎样，最终都以胜利为结局，如果没有神宗一朝三次大规模军事行动，也许明朝还能在多坚持数十年，但是历史是无法改变的，天要灭之，谁也阻拦不了。
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