1398年皇太孙朱允炆即位，是明朝继朱元璋后的第二任皇帝，第二年改年号为建文。 他在军政问题上主要倚仗齐泰、黄子澄、方孝孺三人。不久，建文帝启用黄子澄等人提出的削藩计划以加强中央集权。从而导致了明太祖第四子燕王朱棣以“清君侧”为名，发动了靖难之役。
1402年，燕王朱棣攻陷南京，建文帝下落不明。 关于他的去向有多种说法
1.官方说。1402年6月13日，朱棣率军通过金川门进入南京，当时他想以兵势逼建文退位，故在进宫前放缓了进军速度。等他到宫中时，皇宫早已是一片火海，建文帝朱允炆还有他的玉玺都不知所踪。就马上派人到宫里面救火，这时在皇帝的寝宫中发现了一具被烧焦了的尸体。于是朱棣就面对这具被烧焦的尸体痛哭流涕，说我来这里是辅佐你的，没想到你却自焚而死了，于是厚葬了“建文帝”。 因此人们拥戴燕王来继承大统，这是官方说法，水分不少。被烧焦的尸体不一定是建文帝！
2.逃出皇官说。更多的人相信他没死。在南京陷落时，建文帝想自杀了结生命，但左右劝他削发为僧以待来日。于是他化妆后从地道逃出了皇宫，从此隐姓埋名，云游四海，浪迹江湖。而朱棣当上了皇帝之后，尽管演戏骗了别人说侄儿已死，却骗不了自己。明成祖自己向全国的寺院颁布了《僧道度牒疏》，明令对僧道人数进行详细登记，就是为找侄儿发出的。《明史》记载，明英宗正统年间，有一个耄耋老人，从云南到广西去，自称是建文帝。后经当地官员详细调查得知，这个老和尚是冒牌货。随后被下狱处死，这也真假难辩。
3.后来在滇、黔、川等地，都有建文帝削发为僧的传闻。 现在，在云南大理还有人以为自己的祖先就是落难的朱允炆。另有一些人认为当年建文帝逃出后，在江苏省吴县的鼋山普济寺渡过了一段时日，后来又逃到了穹窿山皇驾庵藏身，最后于423年在这里病逝而亡。
4.前几年，曾有在湖南永州发掘到了建文帝实物的新闻传出，意为他最后的归宿应在湖南。后来在相关部门的调查下，被曝出这是一场造假运动。曾有历史学家说郑和七下西洋也是为找建文帝的，但没有证据。时至今日，建文帝的下落仍无定论。仍是大明第一疑案。
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