北洋军阀在袁世凯死后逐渐分裂成：皖系、直系、奉系。三大派系先后把持北京政府。但三派领袖无人能达到袁世凯的政治威望和都不具备统一中国的实力，导致中国在袁世凯死后出现了军阀混战的局面。
皖系军阀统治时期：1916-1920年
袁世凯死后段祺瑞以北洋正统自居，出任国务总理兼陆军总长掌握北京政府大权。 1917年 主张参战的段祺瑞与反对参战的黎元洪矛盾激化爆发“府院之争”。 辫帅张勋趁机进京拥溥仪复辟 段祺瑞马厂誓师击败张勋“三造共和”。 重掌大权的段祺瑞拒绝恢复《临时约法》孙中山在南方掀起护法运动。南北战争爆发，段祺瑞主张武力统一，积极扩军备战与主张和平统一的直系首领冯国璋矛盾产生分歧。同时皖系的亲日政策与武力统一政策也招致全国的人民的不满。1920年直皖矛盾激化，直系联合奉系发动直皖战争。直系击败皖系，段祺瑞下野，皖系军阀退出了中国权力舞台的中心。
段祺瑞下野后，皖系不在作为一个独立存在的政治派系，各地的皖系逐渐被直系奉系吞并消灭。此后虽然有卢永祥联合张作霖发动第二次直奉战争、段祺瑞出任临时执政，但皖系已不再是主角。
直系军阀统治时期：1920-1924
1919年直系首领冯国璋病逝，曹锟吴佩孚成为了直系的新首领。1920年直系联合奉系击败皖系后掌握北京政府的大权，直系在把持北京政府后迅速扩张，先后占领直鲁豫苏陕及两湖等地。1922年直系与奉系矛盾激化第一次直奉战争爆发，吴佩孚击败张作霖。击败奉系的吴佩孚拥兵数十万虎踞洛阳，掌握着直系绝大多数的军队。更是等上美国《时代》周刊杂志封面，被誉为“中国最强的男人”，被认为最有实力统一中国的人。但直系同皖系一样，其兴也勃焉，败也忽焉。直系在击败奉系之后倒行逆施面临着巨大危机，对外由于曹锟贿选总统、吴佩孚镇压工人运动等事件招致全国人民的不满，张作霖在被击败后在关外厉兵秣马准备卷土重来，直系内部也有越来越多反对吴佩孚的人（如冯玉祥）。1924年第二次直奉战争爆发，吴佩孚前往山海关迎击张作霖，冯玉祥在后方发动北京政变囚禁曹锟，吴佩孚腹背受敌兵败南逃。直系军阀统治也宣告结束。
与皖系不同的是，直系军阀是败而不亡，依旧拥有雄厚的实力，吴佩孚在失败后退往两湖，孙传芳异军突起，击败南下的奉系势力挽救了直系的危机，占据东南五省，与昔日的老上级吴佩孚平起平坐。而冯玉祥从直系军阀中独立出来，成为西北军阀。1926年广东国民政府开始北伐，先在两湖击溃吴佩孚的主力，后进入东南击败孙传芳。至此直系军阀才彻底退出了中国的历史舞台。
奉系军阀统治时期：1924-1928
1924年张作霖联合冯玉祥击败吴佩孚掌握了北京政府的大权。1925年张作霖乘胜追击在关内再次击败直系。并推举段祺瑞为临时执政。1925年奉系军队占领上海势力到达顶峰。但面临直系的反扑和内部危机。年底郭松龄联合冯玉祥倒奉因日本干涉失败，同时张作霖联合吴佩孚开始倒冯，割据东南的孙传芳起兵反奉，奉系的势力被击退。
1926年国民军北伐，吴佩孚孙传芳先后被击败。1928年蒋介石联合阎锡山冯玉祥李宗仁发动二次北伐，张作霖不敌，败退关外。在皇姑屯被日本炸死。
（东北易帜）
1928年张作霖宣布退回关外，宣告北洋军阀在斗争中彻底失败，张作霖被日本人炸死后，他的儿子张学良宣布拥护三民主义和国民政府，东北易帜。自此不仅奉系军阀退出了历史的舞台，北洋军阀也退出了历史的舞台。蒋介石的国民政府完成上了形式上的统一，中华民国的法统也由北洋政府转移到了国民政府的手中。开始了蒋介石的时代。
最后再安利一部央视的纪录片《北洋军覆灭记》一共九集，讲述的是从北洋军从小站练兵到东北易帜的全过程。比较详细，对我们了解那段历史很有帮助。
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