吴佩孚的能力确实出色，但是他的缺点也很明显。因此吴佩孚最多算是北洋军阀中军事才能最好的人之一。吴佩孚是曹锟的部属，因为善于练兵打仗，颇受曹锟器重，成为了曹锟集团里的第二号人物。而吴佩孚也没有让曹锟失望。在他的训练下，曹锟的第3师成为了北洋第一强军。曹锟靠着吴佩孚练出的部队逐步成为了北洋集团里直系的领袖。
后来吴佩孚又指挥军队先后在直皖大战和第一次直奉大战中击败皖系和奉系，帮助曹锟控制了北洋政权，成为国内最强的一个军事集团。
此后吴佩孚大力推行武力统一，将曹锟集团的势力拓展到了长江流域，一度有统一全国的趋势。加上吴佩孚为人清廉，名声不错，因此1924年美国《时代》周刊还把吴佩孚选为封面人物，认为他是中国的风云人物。
吴佩孚能取得这样的成绩，他的能力自然是非常出色的，在北洋集团中也属于数一数二的人才。这一点即使是他的对手，也都是认可的。
然而吴佩孚的缺点也很严重。他为人恃才傲物，看不起其他人，做事又刚愎自用，不愿意听从其他人意见，这也导致了直系和他个人最后的失败。吴佩孚能力极强，这就导致他对其他人有些看不上眼，经常公开批评他人。比如段祺瑞执政期间，吴佩孚就多次通电，批评段祺瑞的施政方针。搞得段祺瑞大为光火，曹锟只能极力居中斡旋。
更糟糕的是吴佩孚用人也要求对自己唯命是从，不容许有任何反对意见。这就导致了真正被他信任的人大多只是一些出身行伍的粗人，除了打仗几乎什么都不会。稍微有些想法的人，都和吴佩孚难以共处。
而直系本来就是北洋集团内部反对皖系势力的联合体，除了曹锟外，还有像冯玉祥、孙传芳、胡景翼等旁系加盟者。这些人都有自己的政治主张，不肯屈居忍下，自然不吃吴佩孚这一套。还有像曹锟嫡系出身的王承斌、靳云鹗、孙岳等人也因为有自己的看法，不愿意盲从吴佩孚。
这么多人和吴佩孚不对付，他却并没有检讨自己的问题，反而对这些人极力打压，导致双方关系极差。
吴佩孚这么做不仅导致这些有能力的人在直系内部难以上升，最终影响了直系部队的战斗力。使得第二次直奉大战直系军队在面对原本的手下败将奉军时，却只能战成平手。
而且也就影响了直系内部的团结，后来冯玉祥、胡景翼、孙岳联手发动兵变，王承斌发现了情况却采取了默许态度，就是因为他们和吴佩孚之间矛盾难以调和所致。
从这点来说，吴佩孚并不适合作为一个集团的领导人。
吴佩孚看不起其他人带来的另一个后果是做事不听人劝，固执己见。
像第一次直奉大战时，直系大军击败奉军，追击到山海关时，吴佩孚突然却扔下了部队返回北京，让王承斌主持前线战事。当时就有人提出前线部队成分复杂，王承斌难以指挥，不宜临时换将，吴佩孚却坚持己见。
结果王承斌接管指挥权以后，因为资历、地位所限，前线部队大多不怎么听命令，直系攻势锐减。最终被郭松龄统帅的奉军击退，未能彻底击败奉系。
还有像第二次直奉大战失败以后，吴佩孚兵败下野。后来因为奉系进军长江流域，导致长江流域的军阀联手试图和奉系对抗。吴佩孚因为资历深厚，因此被公推为盟主。
然而吴佩孚上台以后却转而联合奉系进攻冯玉祥，这就导致他和联盟内部其他军阀的利益发生冲突。靳云鹗对此加以劝阻，反被吴佩孚解职。最后孙传芳等人纷纷退出联盟，拥兵自重。在后来的北伐战争中，孙传芳开始作壁上观，和此事就有很大的关系。
所以吴佩孚是一个优点和缺点都很明显的人，可以算北洋集团里一个出色的人物，但是还算不上最强。起码和张作霖等人比起来，吴佩孚并没有什么优势。
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