虽然朱元璋在自己成长的过程中，饱受蒙古人的侵害，但是要说他在建立明朝之后对蒙古人进行屠杀，这也有点夸大其词。其实在对于蒙古人的处理方式上，朱元璋做得还算不错。
朱元璋在剿灭了南方陈友谅、张士诚和明玉珍等政权之后，就开始发起了对于北方元朝势力的攻势。当时他确实是有这个能力的，因为文有李善长，刘伯温和宋濂等能人志士，武有常遇春，徐达，李文忠、蓝玉等猛将，朱元璋底气十足。最终，朱元璋的大军势如破竹，很快就将元顺帝重新赶到大漠去了。
朱元璋占领北京之后，便建立了大明。统一大业虽然初步完成，但是整个国家刚刚经历战火，百废待兴，急需国家拿出建设方案。再者，元朝在中原的势力虽然覆灭，但是遗留下来的元朝残余力量和远在大漠和西南边陲的蒙古主力依然十分强大。这些朱元璋都看在眼里，他不得不在兼顾国家建设的同时，展开对于蒙古残余势力的防范和打击。为此，朱元璋采取两套方案来解决关于蒙古人的问题。
对于那些在大漠和西南边境的元朝势力，朱元璋派遣精兵强将给予沉重打击。最终，云南境内的元朝势力得到有效清理，朱元璋派遣自己的义子沐英镇守云南，防止反扑；远在大漠的元顺帝在朱元璋不断地打击下，最终死在大漠，元朝主力也基本被分化瓦解、各个击破，再也成不了大的气候。
对于那些遗留在明朝境内的数百万蒙古人，朱元璋则采取了柔和的政策。
首先，朱元璋下令，所有在明朝的蒙古人都改成汉族姓氏，以此来淡化他们的民族观念；其次，朱元璋将大部分蒙古青壮年男子送往各军中效力，然后派往边境戍边，防止他们聚众谋反；第三，朱元璋下令，所有未出嫁的蒙古女人只能嫁给汉族人，所有蒙古男人只能娶汉族女人为妻，违令者斩。这其实就是一条强制的民族融合政策。
总结一下朱元璋对于蒙古人的政策，其实就是统治不了的就消灭，能统治的，则进行有效防范和民族融合，但最终目的还是消灭蒙古有生力量，让其无再次反扑的任何可能。朱元璋对于蒙古人的这一政策不可谓不狠，但又的的确确是很有效果的，这展示了朱元璋的超凡智慧和过人手段。
本来，按照朱元璋的性格来说，明朝建立之后，一场对于蒙古人的屠杀是在所难免的，但是朱元璋最后能够实行软硬兼施的政策，说明他是站在统治者的高度来思考问题，而不是带有太多的个人感情色彩。从这一点来说，朱元璋确确实实是一个很好的统治者。
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