康熙帝在文治武功方面的功绩，这是众所周知的。但是，康熙在医学方面的建树恐怕就鲜为人知了。
康熙对医学很有兴趣，也很有研究。
他之所以对医学感兴趣，这与他曾经患过几场大病有关。年轻时的康熙体格强健，他曾言道：“年力盛时，能挽十五力弓，发十三把箭。”但４０岁那年，康熙得了疟疾，传统的中医未能医治好他的病，无奈之下，他把目光转向了西方。
当时，正值西方传教士在中国传教之时，传教士不仅传播基督教，而且也带来了西方的医学。康熙服用了传教士向他进贡的金鸡纳霜（奎宁）后，效果很好，不久病愈。为此，他召见向他进贡金鸡纳霜的传教士洪若翰、刘应等，而且把西安门的一处房屋赏赐给他们。
种牛痘
这次偶然的经历使康熙对西医产生了浓厚的兴趣。他开始留心西医，不仅翻看这方面的书籍，而且还尝试用之于实践。如有的大臣发生疟疾，康熙就赏赐给他们金鸡纳霜为其治病；他还命人在京城内炼制西药，于宫中设立实验室，并亲临观察。尤其值得一提的是关于天花病的防治。
在此之前，天花是一种常见的流行病，而且无法医治，导致很多人死亡，顺治皇帝就是因为患天花而不治身亡。
蒙古族由于经常性的迁徙、游牧，故特别易患天花。清朝在关外建立避暑山庄、木兰围场，原因之一就是为了防止蒙古族入京觐见时传播天花。
康熙本人也出过天花，尽管没有生命危险，但脸上却留下了终生的印记———麻子。这一切使得康熙对天花尤为关注。
西方传教士东来时，也带来了防天花的技术———种牛痘。当时很多人对此表示怀疑，认为无济于事。
康熙破除因循，大胆尝试。他先给自己的子女以及宫女种牛痘，初见成效后，又给蒙古族四十九旗及喀尔喀蒙古部民种牛痘，然后再逐渐扩大范围。这样，种牛痘的技术慢慢地被人们接受，得以普及，从而挽救了千百万人的生命。
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