司马迁是如何知道李斯和赵高篡改秦始皇遗诏的这个问题的确历来都受到史学家的质疑。
首先，《史记·秦始皇本纪》中记载的秦始皇遗诏，并没有说秦始皇要传位给公子扶苏，而是只说了“与丧会咸阳而葬”，即他要让公子扶苏参加自己的葬礼。也许正是因为这种比较模糊的说辞，才能让这几个字保存在史书中。否则，以秦朝法律之严苛，通过篡改遗诏而即位的秦二世胡亥，怎么会让对自己不利的史料流传出去？
其次，很多人认为秦始皇其实本来就打算传位给胡亥。其理由包括：第一、秦始皇不喜欢公子扶苏，所以才把他发配边疆去抵御匈奴；秦始皇喜欢公子扶苏，并想传位给他，所以才在巡游全国的时候把他带在身边。第二、秦二世乃是亡国之君，率先造反的陈胜吴广、推翻秦朝的项羽、建立汉朝的刘邦，必须要贬低前朝才能树立起自己拯救百姓于水火之中的形象，所以秦二世必须是个无恶不作的昏君、暴君。第三、秦二世在位期间处死了大量的皇室宗亲，其中最重要的角色当然就是秦始皇的长子公子扶苏了，后世起义军在起义过程中大肆渲染公子扶苏的英明神武，更能降低秦二世皇位的合法性，从而激发百姓的起义情绪。
第三，如果说李斯和赵高真的共同密谋篡改了秦始皇要传位给公子扶苏的遗诏，那么泄露这个秘密的第一嫌疑人便是赵高。因为秦二世绝对不会说出去，李斯后来被赵高除掉，他即便是死前公布了这个秘密，也不会流传到宫外。而赵高则在秦朝灭亡之前就已经暗中勾结了刘邦，所以他的嫌疑最大。
最后，司马迁治史严谨，他在著书的时候做了大量的走访，同时，作为汉朝官方的史家，他可以掌握旁人无法得到的重要资料。所以，司马迁也可能是根据已经散佚的史料或者普遍流传的传闻得知的这个密谋。
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