秦始皇在生物学上的父亲到底是吕不韦还是秦王子楚，这可以说是一个历史之谜了，各种史书记载里甚至同时存在着两种说法。
太史公司马迁在他的史家绝唱之著作《史记》里关于秦始皇的身世就两说并存。他在秦国的本纪里记载了秦王嬴政是秦王子楚血脉，但在《史记.吕不韦列传》中却记载了这么一个故事。
大商人吕不韦娶了邯郸城里非常擅长歌舞的女子赵姬同居，赵姬怀有了身孕。有次子楚和吕不韦一起喝酒，看到了美丽的赵姬。子楚非常喜欢她，马上向吕不韦要了她。吕不韦本来非常生气，后来想到自己已经把全部赌注都押到了子楚身上，所以就把赵姬献给了子楚。赵姬隐藏了自己有孕的事，“至大期时”（大期有的指一年，有的指十个月），生下了秦王嬴政。
在这里，司马迁明确告诉世人吕不韦是秦始皇的生父。因此，班固的《汉书》和司马光的《资治通鉴》都采用了司马迁的这一说法，《汉书》把秦始皇称为“吕政”。
但也有人怀疑这种说法。像《史记》本身就对秦始皇母亲的记载就自相矛盾，一会说她是擅长歌舞的美貌姬妾，一会又说她是赵国“豪家女”，所以后世也有不少人认为秦始皇是吕不韦私生子的说法这是对他的刻意污蔑抹黑。
像明朝的王世贞就认为，这种说法要么是吕不韦传出来的，目的是保住自己的荣华富贵；要么是吕不韦受打击后，他的门客传出来的，目的是嘲讽秦始皇，告诉天下人，秦国比其他六国还先行灭亡。
史学家郭沫若先生也认为秦始皇是私生子说法比较荒谬。私生子一说只见《史记》而没有旁的史书证实，而且赵姬这个故事和春申君与女环的故事情节大同小异，所以《史记》本身两说并存的记载也无法相互应证。
应该说这些史学家的观点看法都有一定道理，但又都无法当成百分百的证据。只要赵姬和吕不韦先行同居，然后她再被赠给子楚的这个事实存在，秦始皇就确实存在一定可能是吕不韦的儿子。所以事实真相到底如何，我们也无法下一个百分百的结论，只能是看读者自己愿意选择哪个说法了。
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