秦始皇的三个父亲分别是秦庄襄王、吕不韦、嫪毐。
秦始皇为什么会有三个父亲？原因在于他的母亲赵姬可由于秦始皇的母亲赵姬性欲比较旺盛，导致个人的私生活比较淫乱。历史上比较符合的说法是秦始皇是赵姬和秦庄襄王的儿子，但赵姬在嫁给秦庄襄王前是吕不韦的小妾，在嫁给秦昭襄王不久后就怀了嬴政，所以野史上也多说秦始王嬴政是吕不韦的儿子。
秦始皇嬴政
秦始皇的父亲秦庄襄王在位不久就去世了，因此秦始皇在年龄很小的时候就登基了，由于年纪轻没有到加冠成年之年，所以朝政都是由丞相吕不韦和太后吕不韦把持。
在吕不韦担任丞相期间，多次出入太后赵姬的住所，也令人有所怀疑是否有不当之事。由于和太后赵姬关系不浅，吕不韦被秦始皇拜为“仲父”，可以俗称养父。
吕不韦
后来随着嬴政的年龄越来越大，快到了加冠之年把持朝政之际，吕不韦担心与赵姬的关系会被嬴政发现，于是就断绝了和赵姬之间的关系，并且为赵姬献上了一个新的男宠，嫪毐。
一个身体强壮，容貌英俊的年轻小伙子，嫪毐不仅身体很好，性欲望也很强盛，因此十分受到赵姬的喜爱，很快嫪毐成为了赵姬的新宠。此时吕不韦就很聪明的将自己和赵姬撇清关系，以防东窗事发危及到自己。
嫪毐
不久赵姬和嫪毐就生下了两个孩子。嫪毐借助赵姬的关系在朝廷之中风生水起，职位不断得到提升，培养了自己的集团，最后嫪毐还自称是秦始皇的“假父”。吕不韦不仅感到自己的地位受到了威胁，而且很可能会导致整个秦国灭亡，劝告赵姬回头是岸，不要一错再错毁了自己的前程和整个秦国，但赵姬不但没有制止，反而默认了嫪毐的行为。
嫪毐叛乱
秦始皇在一次探望母亲赵姬中无意中发现嫪毐和赵姬的两个孩子，嫪毐害怕决定杀了嬴政，自己当皇帝，于是利用自己庞大的集团发起了叛乱。
嫪毐最后没能成功，被杀身亡，同时嫪毐和赵姬的两个不该出生的孩子被处死了。
赵姬
就这样秦始皇这个建立我国第一个封建国家的千古一帝，因为母亲的问题，抹上了不可磨灭的一段阴影。
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