关于扶苏之死，司马迁在《史记》中记载的非常明确，秦始皇死后，赵高李斯矫诏，派人送诏书给远在北地边疆的扶苏和蒙恬，密令他们两人自杀。蒙恬觉得此事蹊跷，希望上书秦始皇问清原由，但扶苏认为不需询问，就此自杀。
扶苏为人仁，谓蒙恬曰：“父而赐子死，尚安复请！”即自杀。
扶苏自杀之后，就安葬于上郡（今陕西省绥德县），墓长三十米，宽六米，高八米，立有石碑一通，上刻“扶苏墓”三个大字，被誉为“天下第一太子墓”，然而这一结论却可能被颠覆。
前两年，英国BBC电视台与国家地理联合制作的纪录片《秦始皇陵的惊天秘密》上线，纪录片中提到，在秦始皇陵东部，考古专家挖出一个男性贵族的头颅遗骨，由于埋葬在头颅旁边的随葬品，全是皇家器具，规格非常高。
通过一系列的考古研究，中国不少秦文化考古学家认为，头颅主人可能就是公子扶苏。中国秦始皇陵墓遗址高级考古学家李博士，也赞同这一猜测。
客观的说，头颅主人是公子扶苏不稀奇，因为在公子扶苏自杀之后，胡亥密令有可能让人将扶苏头颅砍下送到咸阳。然而问题在于，这一个头颅却极为特殊。
考古确认：头颅遗骨之后，嵌有一枚弩箭，通过弩箭嵌入骨头的深度分析，应该是近距离的抵近发射，仿佛是在执行死刑，即顶着后脑勺发射弩箭，与现代处决犯人手法类似！显然，按照这一头颅遗骨的特征来看，公子扶苏就不是自杀，而是被人抓住，然后像处决犯人一样处死。如果是这一种死法，肯定颠覆了《史记》记载。
更深一层的意思是，秦始皇假诏到了之后，公子扶苏没有奉命，或许与蒙恬一样，只是交了手中的权力，并没有立即自杀，而是让胡亥手下软禁了起来。等到胡亥登基之后，才秘密处决了扶苏。
那么，存不存在这一种可能呢？
其实，就史书记载而言，并非没有这一可能。
扶苏是秦始皇长子，因为敢于直谏，认为天下未定百姓未安，反对实行“焚书坑儒”、“重法绳之臣”（有敢偶语诗书者弃市，以古非今者族）等政策，于是被秦始皇贬到蒙恬手下做监军。但蒙恬却是秦始皇信任的大将，手握30万雄兵，因此看起来这不是贬斥，反而是提升扶苏，这一点史书记载机智聪明的扶苏，未必看不透，为何稀里糊涂的自杀？
更为重要的是，对于扶苏自杀的一个猜测是，扶苏熟读儒家经典，深受儒家思想影响，但当时儒家思想没有“君要臣死，臣不得不死；父要子亡，子不得不亡”一套，所以是否真说出“父而赐子死，尚安复请”，还真值得怀疑。而且，扶苏毕竟身处“依法治国”的秦国，不可能完全受到儒家思想影响。
实际上，汉唐之前的中国人，还真鲜有坐以待毙的传统，往往富有反抗精神，与宋朝之后的中国人可谓截然不同的物种。因此，扶苏接到不合常理的假诏之后，即便摄于秦始皇威严，不敢公然反抗，估计也可能没有稀里糊涂的立即自杀，而是像蒙恬一样交权等待处置。
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