秦琼当然参与了玄武门之变！有充分的史料可以证明，而且他的任务很明确，就是消灭李建成的余党。秦琼的身份是秦王府右三统军，是秦王府的人！玄武门之变连长孙皇后都亲自出动的最关键一战，秦琼还想不参加？还说什么保持中立？不怕被李世民斩首祭旗啊？
说秦琼没参加玄武门之变是很荒唐的论调。从以下五方面可以驳斥：
一、史书的记载非常明确。
主要是《旧唐书•太宗本纪》和《旧唐书•长孙顺德传》。《旧唐书•太宗本纪》记载：“太宗率长孙无忌、尉迟敬德、房玄龄、杜如晦、宇文士及、高士廉、侯君集、程知节、秦叔宝、段志玄、屈突通、张士贵等于玄武门诛之。”这里明确提到了秦叔宝，如果没有参加，为什么要写他的名字？有人举出《旧唐书•长孙无忌传》中写了另一班人的名字：“无忌与尉迟敬德、侯君集、张公谨、刘师立、公孙武达、独孤彦云、杜君绰、郑仁泰、李孟尝等九人，入玄武门讨建成、元吉，平之。”就说秦琼没参与。其实大错特错。长孙无忌传中的这些人只是最早在玄武门埋伏的人而已，但是不代表这是全部参与政变的人，这点在第三点具体讲。
如果嫌这点不够，似乎没有说明他具体做了点什么。那就要看另一个人的传记《旧唐书•长孙顺德传》，长孙顺德也是凌烟阁二十四功臣之一，他的传记明确写了：“武德九年，与秦叔宝等讨建成余党于玄武门。”这里就非常明确了，长孙顺德和秦琼都是在玄武门之变中负责清理李建成余党。能说他没参加吗没参加还要给他加戏？
二、秦琼的身份不容他不参加。
说秦琼不参与玄武门之变最荒唐的一点就是他们完全忽略了秦琼的身份。秦琼在玄武门之变前的官职是秦王府右三统军。秦王府的将领，李世民的自己人，说的直白点，李世民的家将！玄武门之变，是李世民的秦王集团与李建成、李元吉的东宫、齐王集团殊死一搏，你作为秦王府的将领，还想置身事外？那不叫置身事外，不叫中立，那叫吃里扒外！
玄武门之变，秦王府全员出动，还嫌人手不够。当时的秦王妃，后来的长孙皇后都亲自出面鼓舞士气。长孙皇后与长孙无忌的舅舅高士廉更是以防万一准备释放囚徒补充兵力。这时候你秦琼想不参加？
再举个例子。玄武门之变前，李世民让人去请已经被李建成、李元吉设计调离秦王府的房玄龄、杜如晦前来密谋，房、杜二人试探李世民决心，表示不敢入秦王府。李世民怒而拔出佩刀，让尉迟恭提刀去请，不来就提头来。这就是李世民的态度，连已经离开秦王府的房玄龄、杜如晦都必须参加，秦琼还在秦王府呢，你就想不来？只有诸如李靖、李勣这样自己独立领军，不受李世民节制的人才有资格说什么置身事外，保持中立，秦琼没资格！
三、玄武门之变不止一个战场。
玄武门之变，是一场全面的政变，并不是有些人想的，在玄武门埋下伏兵，把李健成、李元吉杀了就算完了的。完整的政变必须包括三部分，第一部分是在玄武门伏击李建成、李元吉，第二部分就是要在李建成、李元吉死后清剿二人余党，第三部分就是控制宫中的李渊及亲信。这样才能在第一时间保证李世民顺利掌权。
第一部分是长孙无忌、尉迟恭、张公谨等人大放异彩，成功杀死李建成、李元吉，并将东宫、齐王府的援军防住；秦琼就是在第二部分，清剿李建成余党；而第三部分，史书记载不可信，什么李渊带着宰相们在湖心泛舟，等到尉迟恭一身是血过来才知道发生了什么。其实，李渊不可能这么后知后觉，李世民一定也派人进宫对付李渊的禁军，但是由于是对抗君父所以史书有所隐晦。而被定为玄武门五大首功的侯君集，在史书中也没有关于他究竟在玄武门之变做了什么的任何记载，很有可能就是去控制李渊去了。所以，就算史书记载不多也是正常的。
四、玄武门之变后秦琼获得升官。
玄武门之变后，秦王府个个高升，秦琼也不例外。玄武门之变前，他的官职是秦王府右三统军，正四品上；玄武门之变后，他升任十二卫大将军之一的左武卫大将军，正三品。不要小看正三品，唐朝连宰相都只是三品官，玄武门之变后，连五大首功之一的尉迟恭也仅仅获封右武候大将军，也是正三品，与秦琼平级。所以，怎么就能说秦琼没参与呢？
五、凌烟阁排名最末另有原因。
很多人说秦琼没参与政变，理由就是他在玄武门之变排名最末。这是毫无逻辑的。首先，凌烟阁排名与玄武门的功劳没有必然联系，在政变中保持中立的李靖、李勣，在跟李渊一起“湖心泛舟”的萧瑀，甚至李建成阵营的魏徵等等都在二十四功臣名单中。
凌烟阁二十四功臣的排名，是按照设立凌烟阁功臣时（贞观二十四年）各功臣的官职品级高低决定的。比如排名第一的长孙无忌，官职是正一品三公中排名第二的司徒；二到五位的李孝恭、杜如晦、魏徵、房玄龄都是三公中排名第三的司空，其中李孝恭、杜如晦、魏徵已死，所以排名在活着的房玄龄之前，又以李孝恭为宗亲，所以排最前。第七位高士廉、第八位尉迟恭都是从一品开府仪同三司，第九位的李靖、第十位萧瑀都是正二品特进，从他们开始就是二品官了。秦琼已于贞观十二年去世，最高官职是正三品左武卫大将军，追赠正三品徐州都督。所以是三品官，而其他人至少是二品（就算排名倒数第二的李勣官职是从二品光禄大夫兼正三品兵部尚书，是二品官）。当然，这些官员在玄武门之变后并没有马上获得一二品高官，有的当时还没有秦琼高，只有四品。但是后来升官比秦琼高。
为什么秦琼一直没有升高官？三点原因，一是开国战争中虽然履历战功，但只是将才而非帅才，无独自领兵经验。所以在最初阶段没有获得高官，不像屈突通、殷开山等；二是并非治国文臣，没能像魏徵、虞世南等文臣一样入相有所作为；三来，长期受伤病困扰，不能进一步建功立业，他常对人说自己经历数十场大战，怎么能不一身是病。贞观十二年秦琼去世，自然也没办法进一步加封。
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