土木之变是明朝中央军队第一次发生的一场重大失败战役。此役，明英宗朱祁镇被俘，随行的开国功勋及靖难功臣集团势力在被消磨殆尽，兵部尚书邝埜、户部尚书王佐以及内阁成员曹鼎、张益等五十余名随行出征的文官武将战死，明成祖朱棣留下的五十万大军全军覆没，可谓损失惨重，为明朝日后衰落埋下祸根。
面对皇帝被俘，全军覆没的景况，留守京师的于谦力排众议，拥立郕王朱祁钰即位，组织京师保卫战，抵抗住了也先为首的瓦剌军队的进攻，粉碎了瓦剌军企图夺取北京的野心，让明王朝转危为安。
正如题主所说，在土木堡之变时大明王朝已有储君，就是未满两周岁的皇太子朱见深。此时面对明英宗朱祁镇被俘，为防止也先挟持皇帝骗开关防长驱南下，更为了避免国内动乱，稳定人心，拥立新君势在必行。
而于谦等人放弃拥立皇太子朱见深，拥立藩王朱祁钰即位，编者认为主要有以下几点考虑：
一、拥立皇太子朱见深的弊端①皇太子朱见深年幼无知，拥立幼主很难起到稳定人心作用；
②拥立幼主可能会对宵小之徒创造可乘之机，比如与幼主最亲近的必然是后宫的太监，而土木堡之变的罪魁祸首就是大太监王振；
③如果拥立皇太子朱见深即位，面对也先用英宗朱祁镇进行要挟，作为儿子的朱见深改如何面对，要知道也先这次南侵的起因就是明王朝对瓦剌使者的赏赐减少的缘故。
二、拥立郕王朱祁钰的利处①郕王朱祁钰已经22岁，而且在英宗朱祁镇出征之前，已经安排自己弟弟朱祁钰进行监国，处理国家大事，在此生死存亡之际，郕王朱祁钰有权利有义务挑起重担；
②拥立朱祁钰的朝臣人数众多，不但有于谦，还有部尚书王直、内阁学士陈循等人赞同，拥立朱祁钰避免了主少国疑的难题，更能稳定人心；
③拥立朱祁钰能够更好的断绝也先讨价还价的砝码，更好的坚定人心进行京师保卫战，事实也是如此，最后也先不得不主动送回英宗朱祁镇。
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