万历国本之争，从万历十四年首辅申时行上疏要求册立皇长子朱常洛为太子开始，到万历四十三年梃击案发生而彻底结束，前后共历时约30年，不是50年。
至于争国本的本质，目前有两种解读。
第一种解读把万历和群臣的矛盾，解释为权力之争。
这种解读的大概意思就是说，万历皇帝清算张居正、冯宝后，觉得自己是皇帝，是堂堂一国之君，他不允许有人再敢忤逆他，他觉得自己说的话就是真理。所以他在睡了宫女出身的王恭妃后，便打算不认账，坚决否认长子朱常洛的存在，以及他身为皇帝长子的合法性。万历起初的心态，就是单纯的不想立朱常洛，想立朱常洵为太子。因为他喜欢郑贵妃，不喜欢王恭妃，不希望身份低贱的宫女的儿子朱常洛继承大统。
但是在“争国本”的几十年中，万历皇帝的心态发生了变化，越往后发展，越有种“自己明明是皇帝，竟然还有办不成的事”的憋屈心态。而他的这种憋屈心态到后来也逐渐演变成了他与文官集团的权力之争。
首先不买万历面子的是万历她妈李太后。李太后严厉地斥责了万历，说我就是宫女，你小子也是宫女生的，你瞧不起宫女，是几个意思？
然后是文官集团仗义直言，集体上书喷万历皇帝，说你心里喜欢谁，我们不关心，但你得按规矩办事，我朝一直都是立嫡、立长制度。现在皇后没孩子，贵妃又不是皇后，朱常洵也只是庶子。你现在没有嫡子，那就应该立长子朱常洛为太子。
由于文官集团没打算跟万历商量着来，因而这时候，“争国本”事件的性质就变成了皇权和孝道（李太后为代表）、相权（内阁首辅为代表）以及祖宗法度的斗争。万历皇帝的皇权明显干不过后三者的集体施压，便只好采取拖延策略。
在拖延期间，万历也不是没反击过，他为了打压群臣，廷杖、免官，都用上了，但群臣仍然是前仆后继，争相跟他斗。以至于到最后，万历没辙了，只好妥协，自以为聪明的搞了个“三王并封”。结果这一招又让大臣们炸了锅，又掀起了新一轮的国本之争。
面对群臣的上奏，万历烦死了，他表示自己已经让步了，这样还不行吗？而大臣们的意思则是很坚决，不行，不行，就是不行。
斗到最后，首辅辞职、万历认怂，国本之争彻底结束。此事让万历明产生了一种心灰意懒的情绪，最终演变成了二十年不上朝，以怠政来聊以自慰。
而由于文官集团争国本的胜利，明朝的政治体系彻底失控，所谓“明亡于万历”的说法也是因此而来。
第二种解读，观点比较新颖。大概的意思就是认为“争国本”事件是由万历策划的，只不过被万历玩脱了。
这种观点认为，文官集团是一个非常庞大散乱的总称呼，并不是真正的一个有明确斗争目标的集团。所谓的文官集团并不具备与已经完成中央集权的明朝皇帝硬碰硬的实力。
并且，祖制这方面对万历的影响也远没有想象中的那么大。因为同样是明朝，明宣宗不喜欢爷爷朱棣给他指定的胡皇后，偏爱孙贵妃，有意废后，大臣们就没有反对。并且大臣们不但不反对，甚至还主动帮明宣宗离婚，替明宣宗列举了胡皇后的二十条大罪，搞得连宣宗皇帝都觉得大臣们墙倒众人推，对胡皇后有点过分了。
值得一提的是，由于胡皇后被废，孙贵妃被立为皇后，孙贵妃所生的朱祁镇，也就是后来的明英宗，就从庶长子变成了嫡长子，成为了明宣宗的第一顺位继承人。
另外也是在明朝，明代宗朱祁钰想废后，也只是一念之间的事，他说废就废，大臣们并没有强烈反对。
所以，说祖宗法度限制了万历册立朱常洵为太子，这其实是说不通的。因为万历只要把没孩子的王皇后废了，立郑贵妃为皇后，朱常洵就变为名正言顺的嫡长子，这个时候万历再想立他为太子，就是理所当然的了。大臣们再想反对，也根本没有法理依据。
因此，万历皇帝在“争国本”期间，始终不愿意废皇后、立郑贵妃为皇后，利用朱常洵嫡长子身份堵住大臣们的悠悠之口，这只能说明他对郑贵妃感情不够深，远远不如明宣宗对孙皇后的感情。并不能说明大臣们限制了万历的权力。
好，既然如此，那么，万历帝非要这么折腾几十年，他真正想法是什么？
提出这种观点的人认为，万历的想法其实就是想仿效他爷爷嘉靖搞“大礼议”之旧事，培植出一个真正无限效忠他的官僚群体。
万历当时的如意算盘，应该是借着首辅申时行提出立朱常洛为太子，他不同意，以立朱常洵为太子做诱饵，测试朝中百官，试探出哪些人是可以为他所用的心腹。当一旦有人愿意站在他一边后，那么朝堂内的官员立马就会分为“长子党”和“福王党”。
到时候，他利用“福王党”打击“长子党”，不怕百官不服他。
但是，让万历帝料想不到的是，由于当年嘉靖时期的“大议礼”事件的影响太大了，不支持议礼的官员被嘉靖打压了，支持议礼的官员也被嘉靖打压了，这使得万历时期的百官们产生了一个警觉感，感觉万历这是在耍他们玩。于是百官们汲取前车之鉴，吃一鉴长一智，死死地维护宗法“立嫡立长”，谁都不去当“福王党”，谁都不上万历设的套，导致万历的阴谋诡计无法得逞。
万历见百官们都不上当，就以“拖字诀”策略消磨百官的意志力——只要时间长了，总有意志力不坚定的人会投靠他。
然而，“拖字诀”策略最终也失败了，前后斗了三十年，万历始终没有像爷爷嘉靖那样组建自己的心腹班底。特别是没有寻找到严嵩那种死心塌地的狗腿子。于是万历就心灰意冷了，不再上朝，余生仅以敛财为自己的人生追求。一直到铤击案发生后，这事彻底拖不了了，万历才彻底死心，才结束了他与百官长达三十年的国本之争。
以上就是目前关于万历“争国本”事件的两种不同解读。这两种解读都有道理，至于哪一种更符合历史真相，那就看各位的判断了。
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