先说答案：康熙皇帝之所以要颁布禁教令，是因为当时罗马教会的做法，已经伤到了康熙皇帝的命根子！（这个问题有多严重，不用我多说了吧）
下面我就用三个部分来回答这个问题。
第一部分，康熙皇帝对西方宗教的态度还是很可以的；
第二部分，西方宗教刚进中国的时候，也很善于捣浆糊搞关系；
第三部分，罗马教会把事情搞砸了，康熙只有硬杠！ 先说第一部分。在清朝皇帝里面，康熙无疑是能力最强，视野最广，态度最开明的皇帝，甩了其他皇帝几条长安街。他甚至雇佣了不少外国人当公务员，为大清服务。
他对于西方的宗教也一直保持一种非常开明的态度，比如1675年康熙两次视察北京天主教教堂，还给他们提了字，哇，好熟悉的套路。1692年，他允许中国人自由信教，解除了天主教的禁令。
1703年，法国耶稣会士居住的北堂竣工，康熙皇帝亲自题写了“万有真原”的匾额，可以说康熙对于天主教的理解，已经远远超过当时的读书人，当时的传教士甚至认为康熙能够成为中国的君士坦丁大帝，知道君士坦丁皇帝历史的人应该知道，这个评价有多么的高！基督教从四处挨打的小教逆袭为西方主流，全指望君士坦丁加持护法。
第二点，西方宗教进入中国，一开始也是很擅长捣糨糊的。古老的中国在西方人的眼里一直是神秘而且非常强大富有的所在，尤其是当大骗子马可波罗游记在西方世界出版之后，更是出现了持续的中国热，大量的洋人来到中国搞钱，当然也包括传教士来搞脑筋，为了能够和中国人民打成一片，西方的传教士一开始采取的是入乡随俗的策略。
到了中国之后，比如明朝的利玛窦，到了中国之后就脱下诱惑制服，换上读书人的行头，他们学说中国话，学写中国字，学习中国的社交礼仪，很快就在文化人圈子里非常吃得开，估计当时中国文化人对于认识几个西洋人也是蛮起劲的吧。当时罗马教会的态度也是比较开明的，他们给了中国教会很大的自主权，当时的教皇说，只要中国人不公开反对宗教和良善的道德，不要去尝试说服中国，改变他们的礼仪和习俗方式，不要把国家还是要把信仰输入中国。
所以说一开始西方的天主教进入中国和中国的社会融合的还算不错。
下面就是第三点，罗马教廷把整个事情给搞砸了。
19世纪中期之后，天主教在欧洲慢慢恢复了元气，对于海外的宗教政策也越来越强硬，不再像以前那样放任不管，还是直接介入，甚至试图控制中国的教会。而挡在罗马教会面前的是实行利玛窦路线的中国耶稣会，他在中国的时间最早，人数最多。怎样才能把中国耶稣会扳倒呢？罗马教会想了一招：否定中国的礼仪！因为否定中国礼仪就是否定中国耶稣会的传教策略，从而否定耶稣会在中国取得的牛皮哄哄的成就。
在1704年和1715年罗马教皇先后两次发布通告，宣布中国的礼仪是异端，必须严厉禁止，并且派出多罗和家乐两大社团，先后出使中国，宣布教皇的禁令！
要知道康熙够接纳天主教会，是因为当时的天主教和中国政坛的关系比较融洽，也比较服从政治。只要不给国家添乱，还是允许自由传教的。但是罗马教皇的红头文件已经挑战了中国的治国之本：孝道！所以康熙把第一次过来的多罗教团赶走之后，开始给中国的教会上紧箍咒：凡是愿意继续在中国传教的传教士，必须遵守中国的礼仪，并且发誓永远不回外国，这个命令出来之后，传教士没得选了，要么留下来，要么滚蛋。一部分人接受了康熙的条件，另外一派坚决反对，结果就被康熙给赶出了中国。在这期间康熙也曾经主动派人到罗马教廷，请教皇收回禁令，但是遭到了拒绝。不但如此，1715年罗马教皇再次发布了一条禁令，而且特别加了一条：要求在中国的传教士必须完全遵守教皇的禁令，否则不能在中国传教。这是用行动来告诉康熙皇帝，我是教皇，传教的买卖我说了算！1720年家乐使团第二次递交了教皇禁令，康熙看完之后当场发飙：老子封了你的店！
为什么康熙会发这么大火？因为尽管康熙喜欢西方文化，尽管他有开阔的视野，但是按照中国的传统观念，康熙是天子，是这个世界上最有权威的人，他是不可能允许任何人挑战作为帝国皇帝的权威。其次，罗马教皇宣布的禁令动摇了东方帝国执政的基础，因为以孝道治天下，是从汉朝以来中国的国策，只有老百姓遵从孝道，老百姓才会孝敬自己的长辈，才会顺从官府的命令，这是一个可以想见的逻辑。如果大家不遵守孝道，老百姓也就会自然对官府产生反抗精神，这对于帝国的统治来说是一件非常危险的事情。
总结：
康熙之后，从雍正开始，中国实施全面的禁教政策，外贸仅保留四个通商口岸，清朝缓缓的关上了帝国的大门！而在大洋的另外一面，整个世界正在发生翻天覆地的生产力革命！老大帝国的落后，何尝不是从号称千古一帝的康熙开始的呢？中国过了和西方共同进步的历史机会，这是一件让人遗憾的事情，而这个遗憾是由罗马教会和康熙皇帝共同造成的。
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