段祺瑞就是因为手下没兵，而且不擅长拉拢人，所以才变成皖系首领。否则按照袁世凯死后他手里的资源，就应该成为北洋集团新的领导人了。段祺瑞和王士珍、冯国璋并称"北洋三杰"，是袁世凯的心腹之一。在辛亥革命时，在湖广一线指挥作战的段祺瑞按照袁世凯的授意，并不真心和革命军作战，而是一边谈判，一边致电清廷，力主推行共和。
1月26日，段祺瑞更是联名北洋集团46名高级将领致电内阁，要求立即确立共和政体，否则将“江海尽失，势成坐亡”。2月5日，段祺瑞又联合前线的8名协统以上将领致电清廷，要求立即实行共和，否则将“率全体将士入京”。
在段祺瑞的威逼下，清室最终只能黯然退位。段祺瑞为袁世凯出任临时大总统扫清了障碍，立下了汗马功劳。因此袁世凯掌权以后，段祺瑞出任陆军总长。加上北洋集团另两位元老徐世昌、王士珍因为忠于清室辞职隐居，冯国璋不久又外放去了南京，段祺瑞成为了北洋集团中举足轻重的人物，仅次于袁世凯而已。
不过段祺瑞长期担任陆军总长导致了他在北洋集团中的势力日益增大，引起了袁世凯的猜忌。此后袁世凯采取了一系列措施以分段祺瑞的权力。
他先是组建了“陆军大元帅统帅办事处”，让段祺瑞、刘冠雄、萨镇冰、陈宦、荫昌、王士珍等人轮流值班，大事则由自己亲自定夺。接着袁世凯又编练模范军，训练新的军官以取代段祺瑞提拔的人，以削弱段祺瑞在军中的影响力。加上袁世凯此后试图复辟帝制，段祺瑞并不赞同此举，两人关系一度紧张，段祺瑞不得不辞职退隐。
不过不久就爆发了声势浩大的护国运动，袁世凯众叛亲离，重病缠身，只能再度请段祺瑞出山收拾残局。段祺瑞随即以国务总理的身份总揽北洋政府军政大权，成为北洋集团新的领导人。
但是段祺瑞的领导地位并不稳固。
首先从威望和资历上来说，他远不如袁世凯。北洋集团中不少人当初和他都是在袁世凯手下任职，对段祺瑞并不是那么敬畏。特别是是和段祺瑞并列北洋三杰的冯国璋，坐镇东南，手下有兵有将，后来又拉拢了江西督军李纯、湖北督军王占元结成联盟，一直野心勃勃想和段祺瑞争夺北洋政府的控制权。
其次段祺瑞长期在陆军部任职，没有直接掌握部队。而自清末以后，兵为将有的情况就很严重，北洋各部大多只听命于自己的直接长官。因此实际完全听命于段祺瑞的部队不多。段祺瑞只能利用自己控制中央的便利以利益吸引那些军阀为自己效力。但是这又造成了一些军阀力量的增强，最终又威胁到了段祺瑞自己的地位。
第三是段祺瑞本人脾气不大好，而他宠信的心腹徐树铮更是跋扈，得罪了不少人。这么一来就又进一步加剧了北洋集团的分裂。
所以最后段祺瑞只能控制住北洋集团中的部分力量，而因为段祺瑞是安徽人，这部分军阀又被称为皖系军阀。他自然也成为了皖系的首领。
不过要注意的是，正如前面所说，段祺瑞自己直接掌控的武力不多。皖系集团其实也是一个利益结合体，也不是固定不变的。有些军阀一度属于皖系，后来叛离皖系的也有。
像山西督军阎锡山一度就是依附段祺瑞，被划为皖系。但是后来阎锡山力量日益增强，就成为了独立的军阀势力。还有像河南督军赵倜，原本也是皖系一员。但是后来因为徐树铮在河南编练部队，影响了他的利益。在直皖大战时，赵倜倒向了曹锟。
从这点来说，段祺瑞的皖系首领其实做的也有点悲催，不过这也是军阀时代的常态。
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