如果抛开政治正确来评论，9·11事件确实很高明。19名恐怖分子劫持了4架美国民航客机，简单明了的攻击行动，将美国花费高价建造的安保系统毁于一旦。这可能是比9·11事件更令人骇人听闻的。
8点46分美航11号客机撞上世贸大楼北塔，9点03分联航175号客机撞上南塔，美航77号客机在9点37分撞击五角大楼，被劫持的联航93号飞机在10点03分在宾夕法尼亚州西部坠毁。
源头上没能制止美国情报部门在9·11发生20个月之前，就已经锁定了恐怖份子的范围。两名恐怖分子阿米达和哈米兹在没进入美国境内之时，就已经被美国中情局窃听监控，而且根据窃听的内容，他们很可能会实施恐怖袭击。美国的法律规定，情报部门收集的情报无法作为法律证据，中情局的官员苦于找不到确切的证据而无法展开行动。
（19名直接参与9·11事件的实施者）
然而这两名恐怖分子在进入美国国土后，情报调查的工作就归美国联邦调查局负责。中情局和联邦调查局存在竞争关系，而且互相收集的情报在当时没有共享的法律义务。这导致了他们各自为战，形成了一堵墙而使信息不流畅。
美国有严重的安全漏洞调查局在9·11发生前的14天才展开搜捕，此时已经为时已晚。在美国执法人员是没有权利向民众出示身份证的权利，也就是说当美国执法人员提出检查身份证时，民众可以拒绝这一要求。这两个恐怖份子就这样消失在了茫茫的人海之中。
5名恐怖份子在波士顿登机时，有三名没能通过美国计算机辅助乘客预检系统的检查。计算机通过年龄，国籍，以及旅行记录，挑选出有潜在危险的乘客。但是未通过预检系统的乘客还有补救的机会，安检人员会更加细致地询问乘客旅行的计划和目的，而且还会检查行李箱携带的物品。鉴于这三名恐怖份子之前没被列入禁飞者黑名单，而且其背包里的携带的刀具没有超过10厘米，安检系统的设置没有将企图摧毁飞机的情况考虑在内，这些恐怖份子就这样大摇大摆的搭上了客机。
恐怖份子在登上飞机后，当时的客机安全防范意识不足，客机驾驶室的驾驶员在恐怖份子敲门后就开门，拿着刀的恐怖份子很快就将飞机驾驶员制服，此时飞机上的乘客和空服人员也无能为力了。
恐怖份子劫机不按套路出牌航空历史上也有过飞机被劫持的经历，然而与这些劫持者不同的是，这些恐怖份子没有任何利益诉求，一心只想着自杀袭击。恐怖份子没有与地面航空公司的联络员联系，而地面的航管联络员在主动和客机联系时，恐怖份子也没有回话。虽然这很有劫机的嫌疑，但是客机在飞行的过程中，会可能遭遇天气因素而导致暂时失联的情况出现，联络员也没放在心上。直到9·11事件的9分钟之前，波士顿的航管员在对话机里听到美航11号客机的乘客恐慌谈话，才跳过规章制度直接与美国空军联络要求军方支援。灾难之前的3分钟，美航的空服人员贝蒂想尽办法将飞机的具体位置传达给地面人员，但是已经于事无补。
上午9点，两架F-15出现在了纽约市的上空，但是没人想到劫机的自杀行动。用军事力量攻击客机，只有战斗民族在冷战时期才能干得出来。大韩航空007号航班在阿拉斯加加油后，返回韩国的途中，因偏离航向误闯了苏联的领空，而被苏联空军Su-15拦截机攻击坠毁，导致269人罹难。
冷战结束后，东西方阵营敌对情绪有所缓解，再也没有出现过用战机击毁客机的案例。当时的美国人还幻想着可以通过谈判解决劫机事件，客机上的乘客也需要尽最大可能去拯救。可谁知恐怖份子确实是人狠话不多，没给美国有斡旋的机会。
军方的反应迟钝当时接到航官员求助电话的鲍勃·马尔上校立刻将消息传递给了美国军方高层，灾难前的7分钟，美国军方并没有启动快速反应部队。马尔上校要等待上级批准才能派出战机，航管员的机智反应争取到的时间，还是被军方的官僚作风给延误了。
直到事故反生前的几秒钟，等不及的马尔和他的上级讨论后，决定先斩后奏，先让两架F-15战斗机紧急升空，随后再让空军高层授权。
距离第一架被劫持的最近的战斗机，是美国的奥莱斯空军基地，距离纽约市只有250公里。当第一架客机撞上世贸中心的时候，战斗机的飞行员还在等待起飞指示。在首次攻击7分钟之后，F-15战机才起飞，而且在第一架美航11号客机撞进世贸大楼北塔时，军方还在寻找拦截美航11号。
实际操作很困难自冷战结束后，美国快速反应部队大幅缩减，只有4架战斗机待命，保卫半个美国东岸。而他们此时要应对的是超过4000架的美国民航客机，在此找到被劫持的客机无异于大海捞针。直到9·11事件发生后的9点43分，美国航管局才要求在美国境内飞行的全部民航客机在就近机场降落。虽然第四架被劫持的联航93号客机被发现，但是前三架被劫持的客机已经造成了重大伤亡。
军方的雷达目标是寻找境外的潜在军事威胁，而不是追踪国内民航客机，民航客机从来就没有被视为安全威胁。所以如果战斗机飞行员想寻找客机，要听从民航航管官员的指挥。这需要两个不同的组织无间合作。然而这两个组织之间的通讯存在问题，美国军方内部的电话为了保密都是采用单线连接，不与外界联系，只能拨打军方电话。而当美国军方与外界联系时，并没有备用的通讯网络，这就导致了上面出现的情况。
如果说前两架客机没给战斗机留给时间击毁，那么第三架美航77号客机和第四架客机应该是有可以机会击落劫持客机。但是当时美国各级政府部门秘密商讨，总统和副总统，召集高级官员开视频会议，但是没人敢于承担击落客机的责任。军方没有收到第三架客机遭遇劫持的信息，只是说失踪了，而第四架客机，军方也没有接到可以击落客机的指示。从现在看，击落客机能够止损，但是这也是事后诸葛亮。一旦将客机击落没人能够承担客机人员死亡的后果，贸然下命令就会背负道德谴责。
9·11事件之后，美国吸取了教训，将各政府部门都做了改革。联邦调查局和中情局要更加紧密合作；机场安检升级，要求更加严格；军方与地方以及航管雷达进行了合并，使用统一的通讯语言；特朗普上台后，更是限制了7个伊斯兰国家公民的签证发放，以阻止激进的伊斯兰份子入境美国。但是只要美国在全球范围内实行霸权主义，是无法熄灭那些被战火摧残后的复仇怒火，这些措施只能是治标不治本。
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