可以分成两个问题来回答，一是秦惠文王为何要杀商鞅，二是为何没有废除商君之法。
第一个问题，为何要杀商鞅，原因很多，主要有这几点：
1、少年嬴驷与商鞅结下恩怨。因为老世族甘龙设计而犯法，太子杀死了多自己封地的百姓，引发百姓众怒，差点引起民乱使刚刚施行的变法毁于一旦。商鞅为了维护新法，处罚了太子老师以平民愤，就是左右太傅公孙贾和赢虔，一个被毁容一个被割鼻子，更重要的是，秦孝公一怒之下把太子嬴驷进行了流放，这使得嬴驷对商鞅的怨恨深深埋在了心里。为以后嬴驷继位处死商鞅埋下了种子。
2、嬴驷继位后为了树立和维护自己的统治地位，不得不处死商鞅。秦孝公在函谷关临死前当着众大臣的面对商鞅说：嬴驷能立则立，不能立则商君可废主自立。而且凭借商鞅二十年变法在国内树立的巨大威望完全能够废主自立。而且上大夫景监、咸阳令王轼、直接掌管军队的车英、子岸等将臣都对商鞅无比信服。这些都让新君嬴驷极为不安，必须要处死商鞅。
3、老世族的逼迫。从商鞅变法开始，以上大夫甘龙为首的秦国老氏族就和商鞅结仇了。任何一个国家任何一场变法，都是新旧集团势力较量的结果。商鞅得到秦孝公的全力支持和庇护，使得新法势力能够战胜老氏族，顺利开展二十年，新法根基树立，民心所向。秦孝公一死，旧势力开始抬头，一是策划复仇，二是策划复辟。罗列商鞅“十大罪恶”请求新君处死商鞅，这也正好和嬴驷想处死商鞅巩固自己地位目标一致，所以嬴驷借老氏族之手处死了商鞅。
4，山东六国向嬴驷进行外交施压。这一点很多人没有提到，在当时的背景下，秦国新君初立，国基不稳。山东六国借机要求新君处死商鞅，否则就要六国联军攻入函谷关。嬴驷一方面也正好借机处死商鞅，另一方面，也为日后发兵攻打六国提供了口实。
5，除了以上四点，还有很多因素导致商鞅被新君处死。比如商鞅个人性格原因，“极公不尽私”，自己死掉可以让新君地位稳固，新君可以代他维护新法，也可以借民愤处死老氏族，还可以为攻打六国提供借口。这些都使得商鞅甘愿受死。还有秦孝公死前担心商鞅后路而留下的多道密令，比如让商於郡守建立商君宅邸，最要命的是为了防止内乱而给商鞅秘密留的用来平乱自立的一万铁骑，更是给老世族告商鞅想要谋反留下了口实。秦孝公为了保护商鞅，维护新法，却害了商鞅。
第二个问题，为何没有废除商君之法，简单说下。
1是商鞅变法使得秦国实力大涨，国富民强，新君也能看得出来。
2是变法持续了二十年，根基已经比较稳固，在民心中树立了威望。商鞅临死前投宿因为没有照身而投宿不成就证明了。新君已经无法废除。
3是嬴驷被流放期间，深入民间，对新法有了新的认识。从最初的仇恨新法，到后来认同新法，再到最后维护新法，是正常的。
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