万历皇帝是明代在位时间最长的一位皇帝，可是在他御宇的四十多年里，大半时间是和文官集团处于对抗阶段的，他不出席任何帝国礼仪，不制定参与决策，不提拔官员，但是整个大明帝国，并未因此而出现混乱，帝国仍然运转如前。这是专制制度发展到最后的结果，连皇帝也不过是制度的需要而已，而且没有皇帝帝国照样正常运转。到明代后期由朱元璋开创的内阁制度已经发展成熟，他发展到一种限制皇帝的制度，文官集团愈来愈需要的是一个合乎利益的守成之君，如弘治皇帝，越是顺从文官，文官越是认为你贤明。明代后期的皇帝是生活在一种被限定的道德规范之中。
那么限制皇帝的道德来自于哪呢？来自于文官集团。帝国内的一切事都有道德来安排，帝国的一切问题在争论到最后都可以转化成道德问题，百姓，官员，皇帝多生活在一定的道德规范之中，而所有道德问题终极裁决都是皇帝来做。但是人是有私欲的，大家都是在道德规范之下，谋求私利，表面一套，私底下有一套，张居正就是一个典型的代表，在他的死后查明他的家产数十万两。而万历皇帝从小却是被他教育要恪守道德，当这一切看透的时候，万历皇帝表现出一种对道德的反感。
官员的私欲又会分成相互不同的派别，而不可能团结，后来的首辅申时行则发现其中的症结，所以极力调和文官集团，又促使皇帝与文官之间的合作，而这些问题的关键在于皇帝要做出道德表率，如前参加各种仪式。
从这个意义上说，皇帝比文官集团更加痛苦，因为他被要求不能有什么私欲，就算有私欲也一定要在一定的规范之下，它的位处带整个帝国的最上层，所作所为都受全国的注目，特别是文官集团。这是一种不对称的结构，权力最高者却最不自由，万历皇帝是一个具有超越意识和叛逆精神的君主，因为他看到文官皆有其私，对一切道德规范都持有一种蔑视的态度，认为这不过是一种虚假的表象而已，所以他会认为御史邹元标的直言犯上是“讪君卖直”。然而他又不像他的叔祖正德皇帝那样完全不在乎文官集团，只好生活在其中有采取不愿意与文官合作的态度。
其实这种道德规范还是很有作用的，有些文官的确受此长期的熏陶能够在其需要的时候奉献自己，比如东林党人。然而万历皇帝却没有看到这一点，因为自己作为皇帝还要受到这种道德规范的限制，他与文官长期不合作。其实我们想一想每个人都有私欲，为什么却不允许作为一国之君的皇帝毫无私欲，作为皇帝是万分痛苦的，更何况万历皇帝又看透了这种规范的虚假。
那为什么还要这么做呢？因为帝国依靠道德来上下维系，皇帝作为帝国的象征，必须要有崇高的道德，做一个有德之君，才为万民所敬仰，才能维持帝国的正统性。帝国的一切制度安排都以道德为核心。而万历皇帝如此消极怠工，是万民失去道德支撑，文官似乎感觉自己为国家尽忠是毫无意义的事，因为他们根本看不到皇帝的任何一点积极回应，皇帝把他们所做的一切都看成是虚假的去成就其私而已，由是百官之风日渐萎靡。皇帝作为帝国道德的终极判断，对一切置之不理，不置可否，那么文官又如何不乱呢？
在皇帝不对事物作出道德终极判断时，官分必然大坏，因此文官结党营私相互攻讦必愈来愈激烈，因为没有一个对错标准，大家不用担心会出现失败。所以明实录上写到明之亡实亡于神宗也。万历皇帝不履行自己的作为皇帝的职责，而是文官集团陷入一种无法挽回的分裂局面。这种局面一直持续到南明小朝廷，因为后来的皇帝更不如前更无能力解决如此大的矛盾，崇祯皇帝虽然力图重振，但他疑心太重。
东林党人是一群深受传统道德影响，他们以道德自诩，力图挽回这种风气，然而这种作为如果没有皇帝的参与必定是要失败的。他们是一群不幸的人，杨涟、左光斗若有皇帝的支持，挽回世风还有希望。但是他们以自己的道德标准去攻击其他官员谋求私利，可是在其他官员看来（万历也一定如此看）他们又何尝不是在谋求其私利呢？在终极道德缺失的情况下，他们有怎么说自己是正确的呢？
东林党人的失败，说明这个朝代已经出现了道德危机，而在以后的又无法采取有效的措施加以挽回，加之以内忧外患，明朝的统治根基由此动摇。
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