晚明三大疑案分别是梃击案、红丸案、移宫案，三大案在一定程度上加剧了党争，甚至加速了明朝的灭亡。
梃击案：太子遇袭竟草草结案万历四十三年（1615年）五月，平民张差在太监刘成、庞保的指引下，手持木棒闯入大内东华门企图攻击太子朱常洛，而这两位太监皆是郑贵妃的贴身太监。
郑贵妃乃万历宠妃，万历就是为了其儿子福王朱常洵与大臣进行了长达十五年的国本之争。
此外，万历四十一年（1613年）郑贵妃还曾诅咒太子朱常洛，要知道厌胜之法乃古代统治者最大忌讳。因此，很有理由怀疑梃击案与郑贵妃有关，或者就是她指使的，而万历帝或许也默许了。
案件事发后，受惩罚者只有寥寥几人，张差、刘成、庞保等人。《先拨志始》记载了张差临死所言：“同谋做事，事败，独推我死，而多官竟付之不问。”太子遇袭却草草结案，可见朱常洛有多不讨万历喜爱。
红丸案：小小红丸致皇帝暴毙，创下“一月天子”名号万历四十八年（1620年）七月，大明在位最长者万历帝驾崩，新继任者泰昌帝朱常洛继位，同样也刷新了大明记录——在位最短皇帝，也称“一月天子”，导致这一切的根源竟是小小红丸。
泰昌帝朱常洛一朝得势便纵情酒色，登基仅十天便玩坏了身体。生病之后服用内侍崔文升的泻药，病情加重。此后，病急乱投医的泰昌帝服用了鸿胪寺丞李可灼进献的红丸。服药后泰昌帝似乎“回光返照”，次日再次服用却突然暴毙，史称“红丸案”。
所谓“红丸”，又称“红铅金丹”，是朱明皇室专用春药。其制法很奇特，据说是取处女初潮之经血，谓之“先天红铅”，加上夜半的第一滴露水及乌梅等药物，煮过七次，变成药桨，再加上红铅、秋石、人乳、辰砂（湖南辰州出产的朱砂）、松脂等药物炮制而成。
泻药含有大黄，属寒性，红丸含有红铅，属热性，两副猛药下去泰昌便驾鹤西去。
移宫案：李选侍欲“母凭子贵”干预朝政，结局差强人意明万历四十八年（1620年）七月，泰昌帝朱常洛即位，宠妃李选侍照顾皇长子朱由校迁入乾清宫。一个月后，泰昌帝驾崩，李选侍控制了乾清宫，在太监李进忠（魏忠贤）等支持下，企图逼封为皇太后。
李氏与太监魏忠贤密谋，欲居乾清宫，企图控制年幼懦弱的新皇朱由校，达到把持朝政大权的目的。都给事中杨涟称“皇太子明天就要登基为天子，哪有天子住在太子宫里，反让一个选侍住在正宫里的道理！今天要是选侍不搬出乾清宫，我们死也不走”，朝中诸位大臣为防李选侍干政，与朱由校的东宫伴读太监王安一同逼迫她移到仁寿宫哕鸾宫，史称“移宫案”。
此后，李选侍居住的哕鸾宫失火，经奋力抢救，才将其母女救出。李选侍一方即散发谣言称：选侍投缳，其女投井，并说“皇八妹入井谁怜，未亡人雉经莫诉”，指责朱由校违背孝悌之道。天启帝朱由校在杨涟等人的支持下批驳了这些谣传，指出“朕令停选侍封号，以慰圣母在天之灵。厚养选侍及皇八妹，以遵皇考之意。尔诸臣可以仰体朕心矣”。自此，移宫风波才告一段落。
此后晚明三大案，成为了天启时期党争的主要话题。各方势力各有各的理，皆想方设法的从三大案中寻找打击异己的证据，其中就以魏忠贤编撰的《三朝要典》最为突出。晚明党争大大削弱了朱明王朝的力量，加速了其灭亡进程。
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