1921年4月7日，广州国会非常会议决定改军政府为中华民国政府 ，选举孙中山为非常大总统。1925年6月，国民党中央政治委员会议将陆海军大元帅大本营改组为国民政府，因其在广州故称为“广州国民政府”。
1926年，广州国民政府发起了北伐战争。随着北伐战争由珠江流域扩大到长江流域，1927年，广州国民搬到了武汉，成立了武汉国民政府。同年4月，蒋介石在南京成立了南京国民政府。从此形成了武汉、南京两个中央政府相互对峙的局面。为了促使两个政府的妥协，蒋介石被迫第一次下野，最终促使了所谓的“宁汉合流”，即武汉国民政府合并到南京国民政府。
抗战全面爆发后，随着国民政府的首都南京的沦陷，以蒋介石的国民政府机关搬迁到了武汉办公。武汉会战之后，武汉被日军占领，蒋介石的国民政府搬迁到了重庆，成立了重庆国民政府，重庆成为了战时陪都。1940年3月，国民党中的二号人物汪精卫在南京成立了伪中华民国国民政府，与蒋介石的重庆国民政府形成对峙。
抗战胜利之后，远在重庆的蒋介石国民政府还都南京。到1949年4月23日，人民解放军占领了蒋介石的南京总统府，标志着南京国民政府的灭亡。蒋介石的南京国民政府虽然灭亡了，但是国民党的统治并没有灭亡。国民党又在广州成立了国民政府，直到第四野战军解放了广州之后，国民政府在大陆的统治才宣告结束。
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